此教程写给像博主一样的小白，欢迎各路大神批评指正

GWAS

GWAS全称“全基因组关联分析”，使用统计模型找到与性状关联的位点，用于分子标记选择（MAS）或者基因定位。
简单来讲，就是找出基因中哪些序列变异（SNP）与疾病相关。即就是统计一个数，找出与表型最有显著性意义的那些基因（位点）。分析方法有：逻辑回归（表型数据为二元）；线性回归（表型数据为连续性变量）；表型数据正态分析（如果不是正态分布，需转换处理为正态分布）。

R包、plink和EMMAX都可以做GWAS，但是据说后两者做GWAS更快，更容易写出pipeline。以及实验室师兄师姐均采用plink，因此选择学习这个工具。
#plink介绍
PLINK是一个免费的开源全基因组关联分析工具集，在SNP数据统计，过滤，GWAS分析中都可以用得上，而且计算速度很快。直接去百度上搜索plink就可以很容易就找到plink官网（http://www.cog-genomics.org/plink2）功能大概有以下几种：

数据管理： SNP数据格式的转换，合并两个或多个文件，提取SNP子集，以二进制文件格式压缩数据等。
质量控制的SNP数据统计：计算丢失基因型率，等位基因，基因型频率，HWE测试，个体和个体对的近亲繁殖，IBS和IBD统计，LD区域计算等。
GWAS关联分析
Meta分析
#plink下载
官网现在更新呦plink1.9与plink2.0版本，可以根据自己需要下载，我选择的是1.9 stable版本。
plik下载方便，只要找到相应的系统的版本就可以进行下载了，下载链接地址为：http://www.cog-genomics.org/plink2/下载完解压即可立即使用。

此时在终端中直接输入plink不可行哦
电脑会告诉你没有plink这个命令-bash: plink: command not found

使用方法（mac版）
打开terminal，cd到解压到的文件夹（把plink拖入终端即可）

之后每次使用需要cd到此路径，输入./plink再输入参数，如：

./plink --help
./plink --vcf Arab.vcf --allow-extra-chr --maf 0.05 --recode --out Arab

若需要在终端中直接调用plink，则需要把plink写入全局路径

vim .bash_profile
#然后按i键进入编辑模式，输入以下语句，其中路径为解压plink的文件夹路径
export PATH=/Users/limingzhu/Downloads/plink_mac_20200428:$PATH
#输完后回车，按ESC：w  #表示保存：q #表示退出
source .bash_profile  #更新即可

之后即可在终端中直接调用plink命令啦！！冲鸭！

GWAS - plink介绍与安装（Mac）相关推荐

JMeter教程1 - 介绍环境搭建 (Mac)插件安装
目录一.JMeter 介绍 JMeter与LoadRunner比较 JMeter缺点二. JMeter 安装 1.官网下载JMeter 2.安装JMeter 3.配置环境变量 4.汉化 5.安装P ...
mac os 安装linux驱动,教程：Ubuntu 14.04安装Mac OS X主题
安装MAC OS X 主题会帮助你的 Ubuntu 14.04 看起来更像MAC OS X.在这里我们介绍的Macbuntu安装包包含了GTK 主题,这些主题是专门为Ubuntu Unity定制的.图 ...
VMware 9 安装 Mac OS X 10.8 Mountain Lion 图文全程
From: http://unmi.cc/vmware9-install-mac-os-x-mountain-lion/#comment-8684 本教程是在 VMware 9 下安装当前最新版的 M ...
[OSX安装教程] [整理]虚拟机VM安装Mac OS X
参考了"Mac OS X VM & 光盘安裝教程" 先介绍一下我的安装环境: CPU:P4 2.4MHZ: 硬盘:SATA160G×2 分区情况:磁盘0的主分区20G,已安 ...
手把手教你如何安装Mac OS X 图文详细教程
现在大部分人在x86机器上安装MAC OS X操作系统通常都使用两种方式,1虚拟机安装,2光盘安装,以下就结合这两种应用方式来说一下安装方法一,虚拟机安装 1. 使用 Partition Magic ...
VMWare 虚拟机安装 Mac OS X
VMWare安装Mac OS X 随着iPhone.iPad.Mac等苹果产品越来越火爆,越来越多的初学者想要了解和尝试苹果平台,包括苹果操作系统Mac OS X.苹果演示软件Keynote.苹果开发 ...
在VMware Workstation 9中安装Mac OS X 10.8 Mountain Lion
本文环境: CPU:Intel Core i7 920: OS:Windows 7: 内存:8G: 玩Hackintosh各有各的理由,不管什么理由,利用虚拟机安装Mac OS X都是一个可行的办法. ...
「docker实战篇」python的docker爬虫技术-在linux下mitmproxy介绍和安装（四）
原创文章,欢迎转载.转载请注明:转载自IT人故事会,谢谢! 原文链接地址:「docker实战篇」python的docker爬虫技术-在linux下mitmproxy介绍和安装(四) 上次说了fiddl ...
sublime Mac版怎么安装? Mac下载安装sublime的教程
Sublime Mac版怎么安装? Mac下载安装sublime的教程 sublime Mac版该怎么下载安装呢?今天我们就来看看mac系统安装sublime编辑器的教程,详细请看下文介绍. 进入Su ...

GWAS - plink介绍与安装（Mac）

GWAS

GWAS - plink介绍与安装（Mac）相关推荐

最新文章

热门文章