本文转载自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_b48a7ac30102w4km.html
注意:lammps中并没有完整的clayff势函数,需要将一下三者结合使用。
angle_style harmonic
bond_style harmonic
pair_style lj/cut/coul/long 12.5
使用过程中data文件很重要,键类型,键角,电荷都需要制定完备。键系数可以放在in文件中,也可以放在data文件中。键系数需要查阅相关文献或者和MS中GULP模块的clayff.frc势文件view看到。
 
V=Ar^(-12)-Br^(-6)
V=DRo^12/r^12-2DRo^6/r^6
 
DRo^12=A
2DRo^6=B
 
D=B^2/(4A)  ~D单位eV
Ro^6=2A/B ~ 单位埃
 
1 KCal/mol=0.04336 eV

The functional form of the energy  takes into account both bonded i.e. atoms linked by covalent bonds (Ebonded) and non-bonded interaction terms (Enon−bonded). 
 The total energy in general form can then be written as(一个系统的势能由化学键势能和非化学键势能两个部分组成)
               Etot = Ebonded + Enon−bonded
Bond stretching describes the change in energy which occurs due to the
change in bond length from its equilibrium value
Angle bending describes the change in energy due to change in the angle
between two sequential covalent bonds from the equilibrium value
Torsion describes the change in energy of three bonds connected as IJ, JK
and KL due to change in the dihedral (or torsional) angle between the planes
IJK and JKL from the equilibrium value
Inversion describes the energy of three atoms bonded to one central atom
in the same plane due to an out of plane configuration
               Ebonded = Ebond stretch + Eangle bend + Etorsion + Einversion
The non-bonded energy takes into account the electrostatic (coulombic) and van der Waals interactions and sometimes also the effect of hydrogen bonding,
           

Clayff力场(转载)相关推荐

  1. VMDNAMD命令规则(转载)

    输出体系的整个带电量: measure sumweights $all weight charge 给PDB文件设置周期边界条件: pbc set {54 54 24 } -all 将此晶胞内原子脱除 ...

  2. [转载]从WiMAX看自主创新

    大家都知道3G有WCDMA.CDMA2000.TD-SCDMA三个国际标准,却不知道还有第四个标准WiMAX:大家都以为TD很短寿,却不知道WiMAX支撑的时间更短:有的人觉得TD是个坑,却不知WiM ...

  3. 【转载】游戏引擎发展史漫谈(资料整理)

    游戏引擎发展史漫谈 导读 游戏引擎(Game Engine)是什么?大多数人给出的解释都是基于engine的英文翻译,将游戏引擎等同于汽车中的引擎(发动机),再好一些的解释成动力,这些解释都对,但是动 ...

  4. 如何提高效率By Aaron Swartz (转载)

    天才的逝去总是让世人扼腕不息,今天从微博看到Aaron Swartz commits suicide,生命的脆弱让人唏嘘.转载一篇Aaron Swartz关于如何提高效率的文章,以此向这位天才致敬. ...

  5. 生信在线工具(转载)

    Web服务器名称 网址 简要描述;简介 agriGO v2 http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/ GO分析农业物种 AMMOS2 http://drug ...

  6. 在史蒂夫传中寻找现实扭曲力场1

    Hello,小杨写一下读史蒂夫传的一些感受. 记得在2011年的某一天,我在电视上看到一位叫史蒂夫&乔布斯的人逝世了,当时只知道他是IT界的一位巨头,进入2011年苹果就风靡中国了的大江南北, ...

  7. 十大事件与Java相关的四十个名字(转载)

    1990-1994:Java缘起 文/孟岩 Larry Wall说,优秀程序员应有的三个特点:懒惰.急躁和傲慢.Java就是诞生在一群懒 惰.急躁而傲慢的程序天才之中. 1990年12月,Sun的工程 ...

  8. Jzoj4877 力场护盾(红警系列)

    ZMiG成功粉碎了707的基因突变计划,为了人类的安全,他决定向707的科学实验室发起进攻!707并没有想到有人敢攻击她的实验室,一时间不知所措,决定牺牲电力来换取自己实验室的平安.     在实验室 ...

  9. 关于towhee 回答zhang_jaj的问题-转载小木虫

    以下是zhang_jaj 的问题: 你好,我想用towhee做NVT下argon气在surface面上nucleation过程,希望你给一些指导,首先我想把potential选为LJ,surface与 ...

最新文章

  1. git add 回滚_Git的reset命令详解
  2. 硬核!一文梳理经典图网络模型
  3. 针对 AlloyFinger 中 currentTarget为空的解决方案
  4. github 下载单个文件夹_从Github上下载单个文件夹的快速方式
  5. linux——NFS+AUTOFS服务的基本配置
  6. OMNet++新建工程及运行
  7. 基于 gRPC 和 .NET Core 的服务器流
  8. JBoss BRMS 5.3 –添加了业务活动监视(BAM)报告
  9. 现代软件工程讲义 3 代码规范与代码复审
  10. 钱准备好!苹果官方账号泄密:iPhone 12明晚发布有戏
  11. c语言必背100代码,C语言代码大全(c语言必背项目代码)
  12. 【项目篇- 项目团队部分怎么写、如何作图?(两千字图文总结建议)】创新创业竞赛项目计划书、新苗国创(大创)申报书、挑战杯创业计划竞赛
  13. String常用方法汇总
  14. 用计算机弹斗地主,单机斗地主
  15. E-游戏机本当下手(北京信息科技大学第十二届程序设计竞赛暨ACM选拔赛)
  16. 张拉拉再获融资,怎么做出一碗资本爱吃的兰州拉面?
  17. Datawhale-数据分析-泰坦尼克-第一单元
  18. 【JAVA】8.5.1内部购物券
  19. 没密码?巧用工具帮你破解压缩包文件
  20. 使用iframe时候调用钉钉要注意啦!

热门文章

  1. #考试酷#D1_Pointers and Addresses
  2. Dynamic Range
  3. mac安全隐私中没有任何来源
  4. kubernetes 部署_1
  5. 马佳佳:一个90后情趣店老板的品牌观
  6. Jquery中如何根据元素对象获取该对象的ID值
  7. 哈佛商学院要求学生必看的10部经典电影】:
  8. 60万想在广州买房,房子是买增城好还是黄埔好?
  9. 解决IDEA插件安装慢、超时、不成功问题
  10. 618首日战报:德施曼预售全网第一!全自动智能锁Q5P全网单品冠军