FSL——FDT数据统计处理TBSS
TBSS
TBSS - Tract-Based Spatial Statistics
使用磁共振扩散成像通过测量白质束中水的各向异性扩散来提供有关大脑中解剖学连接性的信息。 分数各向异性(FA)是最常从扩散数据中得出的量度之一,它可以量化局部区域结构的定向强度。 为了定位与发育,退化和疾病相关的大脑变化,许多影像学研究开始在三维像素统计分析中使用FA图像。 但是,使用标准配准算法会影响最佳分析。 对于如何以允许从后续体素分析得出有效结论的方式对齐来自多个对象的FA图像的问题,还没有令人满意的解决方案。 此外,尚未解决选择空间平滑程度的任意性。 TBSS旨在通过以下方法解决这些问题:仔细调整非线性配准然后投影到不变线束表示形式(“平均FA骨架”)上。
TBSS旨在提高多主题扩散成像研究分析的敏感性,客观性和可解释性。
通过扩散算例创建FA数据
前期准备的数据:FA图像经过了DTIFIT处理
将所有的数据放在同一个文件夹下面操作,可以使用FSLeyes进行初步查看
准备用于TBSS的FA数据
首先运行一个附加的预处理脚本,该脚本会略微腐蚀FA图像,以消除大脑边缘的伪影,并使末端切片归零(再次从扩散张量拟合中移除可能的异常值)
在terminal 输入
tbss_1_preproc *.nii.gz
该脚本将其输出放置在新创建的名为FA的子目录中。 它还将创建一个名为origdata的子目录,并将所有原始图像放在该目录中以供后续使用。
配准所有FA数据
下一个TBSS脚本运行非线性配准,将跨主体的所有FA数据对齐。 推荐的方法是将每个FA图像与FMRIB58_FA模板对齐。 此过程可能需要很长时间,因为每次配准大约需要10分钟。 如果您有多台运行群集软件(例如SGE(Sun Grid Engine))的计算机,则可以轻松加快此速度。
在FA文件夹的上一级文件夹打开terminal输入
tbss_2_reg
配准后处理
tbss_3_postreg -S
-S 通过各被试的均值确定骨架数据
以前的脚本(tbss_2_reg)只是将所有被试配准到所选模板。 tbss_3_postreg脚本应用这些配准将所有主题放入1x1x1mm标准空间。
然后,脚本将所有受试者的标准空间非线性对齐的图像合并到一个名为all_FA的4D图像文件中,该文件在一个名为stats的新子目录中创建。 创建所有FA图像的均值,称为mean_FA,然后将其输入到FA骨架化程序中以创建mean_FA_skeleton。
一旦脚本运行完成,请检查FA图像的平均值是否合理,并与MNI152图像对齐:
此时可以使用FSLeyes进行查看,
将所有预先配准的FA数据投影到骨架上
最后一个TBSS脚本执行运行voxelwise跨主题统计信息之前所需的最后步骤。 它将平均FA骨架图像的阈值设置为选定的阈值,这一步是生成了个体的骨架化的FA数据
如果您仍在stats目录中:cd回根目录
然后运行:
tbss_4_prestats 0.3
阈值创建一个二进制骨架掩码,该掩码定义了所有后续处理中使用的体素集。
接下来,从骨架蒙版创建一个“距离图”。 这用于将每个对象的FA投影到骨骼上; 当从骨架体素向外搜索局部区域中心时,仅在距离图值不断增加的同时继续搜索-这意味着当搜索距起始骨架点和坐标的另一个单独部分之间的距离超过一半时,搜索便会停止。最后,该脚本在all_FA中获取4D预对齐的FA图像,并针对每个“时间点”(主题ID)将FA数据投影到平均FA骨架上。 这将产生一个包含(投影的)骨架化FA数据的4D图像文件。 在下一部分中,将将此文件输入到voxelwise统计信息中。
脚本完成后,进入stats并查看FSLeyes中的all_FA_skeletonized 打开电影模式以查看框架化数据的不同时间点。
基于像素的骨架化FA数据的统计
可以使用命令行或者GUI对数据进行统计
Tools → misc → GLM setup 或在命令行输入Glm
选择Higherlevel,选择参与统计的人数,然后使用向导设置两组不成对的t检验,其中第3组为受试者数3(请注意, 在此设计中,受试者的顺序将很重要)。 将对比次数减少到2(我们对分组均值本身不感兴趣)。 最后,将设计另存为文件名设计,在终端中使用less查看design.mat和design.con文件。
最终使用一下语句进行处理
randomise -i all_FA_skeletonised -o tbss \-m mean_FA_skeleton_mask -d design.mat -t design.con -c 1.5
FSL——FDT数据统计处理TBSS相关推荐
- php 自定义表格并统计,PHP 使用Echarts生成数据统计报表的实现
这篇文章主要介绍了PHP 使用Echarts生成数据统计报表的实现代码,需要的朋友可以参考下 echarts统计,简单示例 先看下效果图 看下代码 HTML页面 为ECharts准备一个Dom,宽高自 ...
- 数据统计之用户总量统计
数据统计 在进入到后台页面后,首先我们需要完成如下功能: 1.用户总数统计 2.日增用户统计 3.日活用户统计 4.下单用户统计 5.月新增用户统计 6.商品访问量统计 [将所有的业务逻辑的代码都放在 ...
- 常用的数据统计Sql 总结(转)
转:http://www.cnblogs.com/zhangweizhong/p/5577842.html 最近刚在搞一个BI的项目,里面需要大量的sql 数据统计相关运用,加深了我又对SQL的理解与 ...
- GraphPad Prism —— 简单又好用的生物数据统计绘图软件
GraphPad Prism 简介 GraphPad Prism是一个数据处理软件,它的优点是专门为生物.医学等生命科学学科所设计,从原始数据到统计绘图,简单地数据分析都可以轻松搞定,并且很容易上手. ...
- 多条记录取最近日期的一条_Excel VBA:基于员工打卡记录的考勤数据统计
微信公众号:金融数学 使用VBA做一个基于员工打卡记录的考勤数据分析工具; 1应用场景 某公司通过门禁系统记录了每位员工上下班打卡时间,现在需要对一段特定时间内员工出勤情况进行统计分析,包含加班时间( ...
- 个推数据统计产品(个数)iOS集成实践
2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>> 最近业务方给我们部门提了新的需求,希望能一站式统计APP的几项重要数据.这次我们尝试使用的是个推(之前专门做消息推送的)旗下新 ...
- 记住这个网站:服务器相关数据统计网站 http://news.netcraft.com/
http://news.netcraft.com/ 需要参考现在服务器相关数据,可以上这个网站. 当然google趋势也是一个可选得备案. 有一个数据统计更全面的: http://w3techs.co ...
- 基于springboot实现疫情数据统计系统
项目编号:BS-XX-038 本系统基于springboot实现开发,主要实现国内各省的疫情数据管理及实时统计,特点是利用图形报表实现展示各省确诊人数.疑似人数.隔离人数.治愈人数,利用不同的数据展示 ...
- Julia数据统计最全教程,代码图解全都有,昆士兰大学出品,公开免费阅读
郭一璞 发自 中关村 量子位 报道 | 公众号 QbitAI Julia,作为在AI语言榜上飞速上升的语言,拿来做数据统计也是一把好手. 在Quora上"Julia做数据统计有多好&quo ...
最新文章
- Git(2):安装和使用
- java判断zip包的编码格式_java解压zip包出现乱码
- 学生电子计算机协会,CCF电子科技大学学生分会换届大会成功举行
- [转载]只有那句不能唱——听《想把我唱给你听》
- 2008r2服务器频繁自动重启,关于Windows server2008频繁重启问题
- 数模电路基础知识 —— 7. PN结与二极管的工作原理
- 7-112 约分最简分式
- android studio 混淆包,gogoapp体育-官网首页
- Android ListView下拉刷新
- JAVA整合腾讯COS(拿来即用)
- ERP的实施步骤是什么?
- 计算机忘记用户密码,电脑开机密码忘记了怎么办?
- SOLIDWORKS强劲剪裁有哪些黑技能?
- STP生成树协议(原理+实验)
- 怎样在android中添加背景图片?
- 中职计算机教学游戏化,中职美术游戏化学习的设计与应用研究
- 2045年千亿设备将互联 物联网安全需全球共治
- Android集成极光推送和踩过的坑(一)
- android ios 唱歌评分代码sdk
- 我用阿里云盘分享了「apktool_2.6.0.jar」