KEGG数据库以及 KAAS 网站注释
1. KEGG
现在自己用到的KEGG数据库主要是功能注释,下面谈一下我再用KEGG 时候的经验吧。
首先在kaas上传数据做基因的注释。
我们用的是prokka
注释过后的faa
文件:是蛋白序列。
当然基因序列也可以。
kaas 比对网站
https://www.genome.jp/tools/kaas/
得到的结果会在kaas的网站:
上面图片的text文件是下面的内容:
打开html之后内容就是:
代谢通路图(ko):
K号信息:
另外在kobas上可以做kegg富集分析
https://www.jianshu.com/p/1b05500e4983 (可参考这个网站)
总觉得自己写的有很多偏差,心静不下来,就写的很不好。
但是坚持下去吧! 加油。。。
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