在写这个教程是3月16号凌晨的5点钟,这个点还没睡的话,一是在外面玩,二是有事情。我是属于第二种情况,昨晚从下班6点后一直在办公室,点了个外卖,吃结束后差不多7点。然后,就一直在弄自己的事情,一直到凌晨4点半左右结束。在此期间,喝了两倍咖啡,果然还是有效果的。

本想结束后直接回去睡一会,但是一看时间到点了。回去也睡不着,那么一直到天亮吧。中午多睡一会即可。

今天分享的教程是的:使用Circlize包绘制和弦图


绘图

今天的教程是绘制组内基因相关性的和弦图,也是非常的简单,第一次看到使用相关性来绘制circlize图。

导入相关的包

library(circlize)
library(tidyverse)
library(ggplot2)
library(cowplot)
library(reshape2)
library(like

制作数据

rA <- read.table(text = "ADHD ASD CMD MD SLD CD ODD
ADHD1 1 0.67 0 0.9 0.07 0.66 0.66
ASD1 0.67 0 0 0 0 0.35 0
CMD1 0 0 0 0.33 0.66 0 0
MD1 0.9 0 0.33 0 0 0 0
SLD1 0.07 0 0.66 0 0 0 0
CD1 0.66 0.35 0 0 0 0 0
ODD1 0.66 0 0 0 0 0 0 ", header=T)head(rA)
rownames(rA) <- c("ADHD","ASD","COMD","MD","SLD","CD","ODD")
colnames(rA) <- c("ADHD","ASD","COMD","MD","SLD","CD","ODD")rA <- as.matrix(rA)

chordDiagramFromMatrix()函数绘图

chordDiagramFromMatrix(rA, grid.col = c("#8ecae6","#219ebc","#023047","#ffb703","#fb8500","#c1121f","#cbf3f0"),annotationTrack = c("name", "grid"),#link.visible = rA,symmetric = T,transparency = .3)

更多的玩法,大家可以自己的去查询哦!!


ENDING!!


往期文章:
1. 最全WGCNA教程(替换数据即可出全部结果与图形)

WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码一

WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码二

WGCNA分析 | 全流程代码分享 | 代码三

2. 精美图形绘制教程

精美图形绘制教程


小杜的生信筆記,主要发表或收录生物信息学的教程,以及基于R的分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!!

使用circlize包绘制和弦图相关推荐

  1. 采用circlize包绘制Circos图

    ​ 本文采用circlize包自带的示例数据绘制Circos图,简要描述了circlize包的绘图思想和原理,以及几个常用参数的作用. Circos图(圈图)功能 可展示的数据:基因密度.基因功能注释 ...

  2. R_circlize包_和弦图

    tiltle: circlize包画和弦图 作者:Li_Yuhui 四川大学在读研究生 参考来源 文章目录 tiltle: circlize包画和弦图 作者:Li_Yuhui 四川大学在读研究生 [参 ...

  3. R_circlize包_和弦图(二)

    作者:李誉辉 四川大学在读研究生 往期精彩: R_插值_拟合_回归_样条 接上一篇:R_circlize包_和弦图(一) link弦可见 在需要强调某些relation时,需要高亮对应的弦,一般有4种 ...

  4. 【数据可视化应用】绘制和弦图(附Python和R语言代码)

    和弦图(Chord diagram)简介 和弦图(chord Diagram),是一种显示矩阵中数据间相互关系的可视化方法,节点数据沿圆周径向排列,节点之间使用带权重(有宽度)的弧线链接.其适合节点数 ...

  5. R语言可视化学习笔记之ggridges包绘制山峦图

    作者:严涛 浙江大学作物遗传育种在读研究生(生物信息学方向)伪码农,R语言爱好者,爱开源. 严涛老师的绘图教程还有: gganimate |诺奖文章里面的动图绘制教程来了!! ggplot2学习笔记之 ...

  6. R语言ggplot2可视化绘制Marimekko/Mosaic图实战:自定义函数绘制Marimekko/Mosaic图(添加数值、标题、色彩配置)、ggmosaic包绘制Marimekko图

    R语言ggplot2可视化绘制Marimekko/Mosaic图实战:自定义函数绘制Marimekko/Mosaic图(添加数值.标题.色彩配置).ggmosaic包绘制Marimekko图 目录

  7. R语言使用beanplot包绘制豆荚图实战:与箱图、小提琴图对比、绘制不对称的豆荚图

    R语言使用beanplot包绘制豆荚图实战:与箱图.小提琴图对比.绘制不对称的豆荚图 目录 R语言使用beanplot包绘制豆荚图实战 #包的安装和导入 #豆荚图与箱图

  8. R语言使用forestplot包绘制森林图:编码创建森林图仿真数据、汇总线修改、元素位置调整、垂直线、字体、风格、置信区间、线型、图例、刻度、标签等

    R语言使用forestplot包绘制森林图:编码创建森林图仿真数据.汇总线修改.元素位置调整.垂直线.字体.风格.置信区间.线型.图例.刻度.标签等 目录

  9. 利用Python的folium包绘制城市道路图!专业地图!

    写在前面 很长一段时间内,我都在研究在线地图的开发者文档,百度地图和高德地图的开发者中心提供了丰富的在线地图服务,虽然有一定的权限限制,但不得不说,还是给我的科研工作提供了特别方便的工具,在博客前面我 ...

最新文章

  1. 虚拟中央处理器新星软机公司即将被收购
  2. 手动配置 ESXi 主机挂载 NFS 的最大值
  3. php ci laravel,PHP 框架 ci 和 laravel 的问题
  4. 悟透JavaScript (强烈推荐)
  5. 2、Mysql 8.0.20最新版本修改密码
  6. 解锁营销自动化行为触发,神策数据《营销自动化应用基准报告 2021》助力企业增长
  7. 学习Python不需要程基础?
  8. 细聊冗余表数据一致性(架构师之路)
  9. 详解Android中AsyncTask的使用
  10. java解惑--摘要
  11. STC单片机编程软件安装教程
  12. Super Odometry: IMU-centric LiDAR-Visual-Inertial Estimator for Challenging Environments 翻译
  13. pcm设备的注册流程
  14. 【MODBUS通讯协议】
  15. 渗透测试与漏洞扫描详解
  16. kubernetes 26、liveness和readiness的原理与使用
  17. 高等数学——曲线积分的计算(弧长)
  18. xss.haozi.me练习通关
  19. 放大器指标:1db压缩点
  20. 什么是MES生产制造执行系统?实施MES生产管理系统有哪些目标?

热门文章

  1. 新蓝领时代:快递员月收入过万“炼金术”
  2. Ubuntu-20.04-live-server无人值守安装
  3. 顶会查找论文的网址和检索方法
  4. MATLAB显示剪切板不可用,电脑剪切板不能正常启动或者使用。
  5. python中del和pop的区别_python中的del,remove,pop有什么区别
  6. 通用型的中文编程语言探讨之一: 高考
  7. 电梯黑板签到的测试用例
  8. 王亟亟的Python学习之路(五)-dictionary,set,函数,函数参数
  9. 计算机网络实训课报告书,计算机网络实训报告
  10. 使用Au进行人声噪声混合