记录一下完整的pharmacophore的过程

初始文件
复合物晶体结构->PLIF->药效团序列
- 加载蛋白复合物以及初始设置准备
- - 1.读取蛋白文件
  - 2.修改背景颜色为白色,修改立场文件
  - 3.删除多余链与配体
  - 4.调整蛋白结构显示
  - 5.蛋白分子的预处理
- 叠合蛋白-配体复合物
- - 1.为复合物分配不同的颜色以便于区分
  - 2.叠合蛋白-配体复合物
  - 3.观察蛋白-配体相互作用
  - 4.新建Database并导入蛋白-配体复合物
- 生成PLIF和Pharmacophore Query
- - 1.生成PLIF
  - 2.生成pharmacophore query
  - 3.进一步精确计算和保存药效团序列
利用药效团序列筛选小分子构象库
- 小分子构象库的构建
- - 1.读取/制作小分子数据文件
  - 2.小分子预处理
  - - 2.1.wash->计算电荷->能量最小化
  - 3.构象搜索
- 药效团搜索

初始文件

复合物晶体结构->PLIF->药效团序列

链接：https://pan.baidu.com/s/13d9-Gb1nX3ewTs30h2q0ug
提取码：6666

加载蛋白复合物以及初始设置准备

同样可以直接用配体数据库生成,但这里不讲

1.读取蛋白文件

MOE/OPEN/FILE

2.修改背景颜色为白色,修改立场文件

MOE|RHS

点击左下角Amber10:EHT更换力场文件

按下图更改:

3.删除多余链与配体

MOE|SEQ
此初始文件不需要,略

4.调整蛋白结构显示

5.蛋白分子的预处理

MOE | RHS | QuickPrep
按下图设置去校Refine:

叠合蛋白-配体复合物

1.为复合物分配不同的颜色以便于区分

MOE | RHS | System
按下图设置:

2.叠合蛋白-配体复合物

MOE | Protein | Align/Superpose
按下图设置先进行Align进行序列对齐,之后选择Poket Residues.最后进行叠合Superpose

将叠合结构位于MOE中心展示
MOE| RHS | Center

3.观察蛋白-配体相互作用

MOE | Compute | Ligand Interactions

4.新建Database并导入蛋白-配体复合物

MOE | File | New | Database
创建空白数据库
![在这里插入图片描述](https://img-blog.csdnimg.cn/20201015104610431.png?x-oss-process=image/watermark,type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk,shadow_10,text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L3JlY2hlcl9IZTExMDc=,size_16,color_FFFFFF,t_70#pic_centerDBV | Edit | New | Entry
按照Chain Tag 的方式导入分子:

生成PLIF和Pharmacophore Query

1.生成PLIF

DBV | Compute | PLIF | Generate

将ligand指定为ligand–>pripare–>generate
遇到啥点yes就完事了,之后所有操作同上

然后可以看一看有哪些重要的作用

2.生成pharmacophore query

再PLIF面板选择Tool: Query Generator

出现下面页面:
如果是要用上所有复合物,则all.也可以自己选选selected
再选自Build构建药效团序列,最后选择所有重要相互作用生产药效团(选择excluded volumes)

3.进一步精确计算和保存药效团序列

选择consesus,并进一步Calculate
直接Save就完事了.

利用药效团序列筛选小分子构象库

小分子构象库的构建

1.读取/制作小分子数据文件

可以选择自己画,但一般是读取mol或者smiles表格,注意将分子描述符列的类型改为molecule

2.小分子预处理

2.1.wash->计算电荷->能量最小化

按下图 wash–>Partial Charges–>Energy Minimize顺序操作就行

3.构象搜索

上图中的Conformational Search
设置一般自己要调尽量小一点,因为一般要对大量的数据进行处理不能在这一步浪费太多时间.当然,如果只有几个小分子那就无所谓了.提供参考参数如下

药效团搜索

Pharmacophore|Search

将之前做好的pharmacophore query文件选中.

setup中勾选需要输出的数据

点击search进行药效团模型搜索

点击查看详细输出

大功告成!
大吉大利,今晚吃鸡

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