PBS集群上手管理手册

Linux常用指令

文件与目录操作
cd /home 进入 ‘/home’ 目录
cd .. 返回上一级目录
cd ../.. 返回上两级目录
cp file1 file2 将file1复制为file2
cp -r dir1 dir2 复制一个文件夹
cp -r /tmp/dir1 . 复制一个目录到当前工作目录（.代表当前目录）
ls 查看目录中的文件
ls -a 显示隐藏文件
ls -l 显示详细信息
pwd 显示工作路径
mkdir dir1 创建 ‘dir1’ 目录
mkdir dir1 dir2 同时创建两个目录
mkdir -p /tmp/dir1/dir2 创建一个目录树
mv dir1 dir2 移动/重命名一个目录
rm file1 删除 ‘file1’
rm -r dir1 删除 ‘dir1’ 目录及其子目录内容

查看文件内容
head -2 file1 查看一个文件的前两行
tail -3 file1 查看一个文件的最后三行
grep str /tmp/test 在文件 ‘/tmp/test’ 中查找 “str”
diff file1 file2 找出两个文件的不同处
sdiff file1 file2 以对比的方式显示两个文件的不同
vi file 打开并编辑文件，vi编辑器需要百度了解，这里稍微说一下常用的

i    进入编辑文本模式
Esc 退出编辑文本模式
:w  保存当前修改
:q  不保存退出vi
:wq 保存当前修改并退出vi

解压
tar -xvf archive.tgz 解压一个包

系统相关
top 罗列使用CPU资源最多的linux任务，可以查看服务器有没有被挖矿（输入q退出）
passwd 修改密码

PBS相关
qsub vasp.pbs 提交作业
qsub -q quick vasp.pbs 提交作业到test队列，目前服务器有test(dragon1 36核), default(dragon2-7 24核), quick(dragon8-12 32核)三个队列，默认提交default队列。
qstat 显示作业队列信息
pestat 显示全部节点状态
qdel id 杀掉指定的作业
qstat -f id 查看已提交作业的详细参数

服务器维护相关

除添加删除用户、安装软件以及必要的重启，不要使用root进行直接操作。

1、所有软件及安装包路径均在/share/apps下，只有在/share/apps下安装的软件，所有用户才可共同使用。

需要用到的脚本（AddUser.sh、DelUser.sh、vasp.pbs等）均在/share/scripts下，cvasp或clammps所拷贝的脚本均来在本文件夹。

如若添加新的快捷命令例如cvasp等，可编辑/etc/bashrc，其最后会有以下alias命令，可模仿添加。wq保存退出后，在当前文件夹下source bashrc。

alias cvasp="cp /share/scripts/shvasp/vasp.pbs ."
alias cvasp_gam="cp /share/scripts/shvasp/vasp_gam.pbs ."
alias cvasp_ncl="cp /share/scripts/shvasp/vasp_ncl.pbs ."
alias cvasp_vtst="cp /share/scripts/shvasp/vasp_vtst.pbs ."
alias clammps="cp /share/scripts/shlammps/lammps.pbs ."
alias vi='vim'
alias cvasp_opt_cell="cp /share/scripts/shvasp/vasp_opt_cell.pbs ."
alias cvasp_opt_cell_gam="cp /share/scripts/shvasp/vasp_opt_cell_gam.pbs ."
alias cvasp_opt_cell_ncl="cp /share/scripts/shvasp/vasp_opt_cell_ncl.pbs ."

修改登录前后的欢迎信息可编辑/etc/motd文件。

                   **********************************************
-------------------------------------------------------------------------------
系统介绍：******************************************************
-------------------------------------------------------------------------------
作业管理系统PBS常用命令：qsub：提交作业showq：显示用户作业信息qstat：显示作业队列信息pestat：显示全部节点状态qdel：杀掉指定的作业qstat -f：查看已提交作业的详细参数cvasp：拷贝vasp.pbs脚本到当前目录cvasp_gam：拷贝vasp_gam.pbs脚本到当前目录cvasp_ncl：拷贝vasp_ncl.pbs脚本到当前目录cvasp_opt_cell：拷贝vasp_opt_cell.pbs脚本到当前目录cvasp_opt_cell_gam：拷贝vasp_opt_cell_gam.pbs脚本到当前目录cvasp_opt_cell_ncl：拷贝vasp_opt_cell_ncl.pbs脚本到当前目录cvasp_vtst：拷贝vasp_vtst.pbs脚本到当前目录clammps：拷贝lammps.pbs脚本到当前目录
------------------------------------------------------------------------

2、Intel编译器非常重要，编译在/share/intel下，不动一般不会出问题。安装软件有时需要链接mkl和mpi，两文件在/share/intel/intel-2018/compilers_and_libraries/linux下。ifort和icc在/share/intel/intel-2018/compilers_and_libraries/linux/bin/intel64下。
Intel的包和许可证在/share/apps下，出现问题可重新安装。
最后的底牌在/share/sources下，放着同样一份Intel包和许可证，永远不要用上。

3、添加、删除用户，更改密码
运行/share/scripts目录下AddUser.sh或DelUser.sh脚本。
例如添加或删除用户yszhang，新用户初始密码6个1。

cd /share/scripts
# 添加
./AddUser.sh yszhang
# 删除
./DelUser.sh yszhang
# 更改密码
passwd yszhang

4、对root下文件进行编辑前，慎重考虑，一定要cp一个副本出来，再进行编辑，出错还有机会。

5、重启服务器
shutdown -r now立刻重启
ssh dragon1从当前节点进入dragon1（有时需要重启某节点，先进入节点，再执行重启命令）

一些资源

书是死的，人是活的，活学活用，别太纠结。
先干再说，边干边学。

VASP入门相关

大师兄科研网 https://www.bigbrosci.com。
目前网上流传的各种教程中，非常非常不错的教程。

LAMMPS入门相关

公众号：LAMMPS爱好者。
虽然自认为在LAMMPS使用上也算可以，不过由于公众号里的的教程和经验太过于强大和详细，我的经验就显得漏洞百出，有更好的资源，我就不再班门弄斧了。
LAMMPS跑起来简单，后处理可能需要一定的编程基础，例如如何从大量的轨迹数据中计算两原子之间的距离。我使用的方法是运用Python里面的NumPy库和Pandas库来进行数据清洗和处理，B站里面有很多视频，建议稍学一下Python，开始会有点难，但是会省很多力气，有奇效。

PLUMED入门相关

元动力学相关，https://www.plumed.org/doc-v2.6/user-doc/html/index.html 官方手册，有详细的教程，并且包含PLUMED与LAMMPS一起使用的例子。

写在最后

手册不多，但是我工作经验，认为正确的学习路线。希望可以帮到新手上路做计算的师弟师妹们，同时希望大家能够带着批判的眼光去学习，在参考的同时，能够接力，将手册完善补充下去，互帮互助，共同进步，让后续的师弟妹们快速上手，少走弯路，将咱们组做大做强。

三年眨眼而过。感谢杨老师、李老师的指导帮助。感谢师兄弟妹们的关心帮助。再多的感谢就不说了，没外人。

最后，

祝杨老师、李老师工作顺利、生活愉快！
祝师兄弟妹们前程似锦、大展宏图！

19级 yszhang
2022/04/29