波士顿儿童医院CHB-MIT癫痫数据集预处理-提取发作时间

数据集链接CHB-MIT Scalp EEG Database v1.0.0

如何将edf文件中的数据提取出来请参考大佬文章CHB-MIT波士顿儿童医院癫痫EEG脑电数据处理（一）_arbitrary19的博客-CSDN博客

将数据提取出来后，数据是一个[23,921600]的数组（23通道，3600秒，256Hz采样频率）。在数据集中，癫痫发作的时间是在每一个被试者的summary.txt中展示的，如下图

故需要将癫痫对应的时间片截取出来，函数如下：

def generate_data_label(summary_txt_filename):with open(summary_txt_filename) as f:summary_txt=f.read()pattern_string="File Name: .+\nFile Start Time: .+\n.+\n.+\nSeizure Start Time: \d{1,4} seconds\nSeizure End Time: \d{1,4} seconds"# pattern=re.compile(pattern1_string)string_list=pattern1.findall(summary_txt)result={}for index, item in enumerate(string_list):file_pattern = re.compile("File Name: (chb\d{2}\w?_\d{2}\+?\.edf)\n")time_pattern = re.compile("Seizure \d? ?Start Time: (\d{1,5}) seconds\nSeizure \d? ?End Time: (\d{1,5}) seconds\n?")file_name = re.findall(file_pattern, item[0])file_name=file_name[0]times = re.findall(time_pattern, item[0])for t in times:start_time = int(t[0])end_time = int(t[1])if file_name in result.keys():result[file_name].append((start_time,end_time))else:result[file_name]=[(start_time,end_time)]return result

通过正则表达式提取出对应的文件名，开始发作时间，结束发作时间。

测试代码如下：

result=generate_data_label("chb16\\chb16-summary.txt")
for (k,v) in result.items():print("文件名为{},对应时间列表为{}".format(k,v))

结果如图（文件名：chb16-summary.txt）：

需要注意的是在该数据集的summary文件中，存在着大量的bug....比如某些文件在某些地方会多一个空格，有些地方是23通道，有些地方是22/24/28通道，没什么规律，但出现这些情况的文件不多，我也就懒得专门弄了，有兴趣的可以自己搞一下。

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