SimpleITK读写nii.gz文件
SimpleITK读写nii.gz文件
- 1、读写nii.gz文件
- 2、对于神经网络输出概率生成二值图保存
1、读写nii.gz文件
## using simpleITK to load and save data.
import SimpleITK as sitk
itk_img = sitk.ReadImage('./nifti.nii.gz')
img = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)
print("img shape:",img.shape)## save
out = sitk.GetImageFromArray(img)
# # out.SetSpacing(itk_img.GetSpacing())
# # out.SetOrigin(itk_img.GetOrigin())
sitk.WriteImage(out,'simpleitk_save.nii.gz')
参考:使用SimpleITK读取和保存Nii.gz文件
2、对于神经网络输出概率生成二值图保存
import os
import SimpleITK as sitk
from glob import globdef save_prob2label(prob_dir, save_labeldir):all_prob_seg = glob(os.path.join(prob_dir, "*.nrrd"))for index, file in enumerate(all_prob_seg):print("processing", index, '/', len(all_prob_seg), file)label_file = file.replace(prob_dir, save_labeldir).replace(".nrrd", ".nii.gz")prob_img = sitk.ReadImage(file)prob_arr = sitk.GetArrayFromImage(prob_img)label_arr = (prob_arr > Dice_value) * 1label_img = sitk.GetImageFromArray(label_arr)sitk.WriteImage(label_img, label_file)if __name__ == '__main__':prob_nrrd_dir = r'C:\Users\wmz\Desktop\input'save_label_dir = r'C:\Users\wmz\Desktop\test'Dice_value = 0.5save_prob2label(prob_nrrd_dir, save_label_dir)
SimpleITK读写nii.gz文件相关推荐
- 7-18 nii.gz文件的处理
CBCT的分类结果是以nii.gz格式存储的,为此要对分类结果进行展示就必须对nii.gz格式文件进行解析,然后以合适的方式进行可视化. 同样的,前端js方面依旧缺乏解析的库,为此想了一个代替方案,通 ...
- python读取nii文件_读取nii或nii.gz文件中的信息即输出图像操作
读取nii或者nii.gz文件中的信息,并且输出图像. import matplotlib from matplotlib import pylab as plt import nibabel as ...
- python读取.nii.gz文件并展示医学图片
python读取.nii.gz文件并展示医学图片 注意细节 我的数据集格式 展示图片 补充 注意细节 第一次做医学图像相关的内容,拿到数据集却不会用,搞了半天终于可以打开显示了,必须写一个给跟我一样的 ...
- 读取nii或nii.gz文件中的信息即输出图像
读取nii或者nii.gz文件中的信息,并且输出图像. import matplotlib from matplotlib import pylab as plt import nibabel as ...
- python读取nii文件、nii.gz文件
显示标准nii.gz或nii文件 import numpy as np import nibabel as nib from ipywidgets import interact, interacti ...
- python使用nibabel和sitk读取保存nii.gz文件
nii.gz格式是医学图像常用的压缩格式,python中可用nibabel和sitk来读取保存. 使用nibabel 由于使用nibabel图像会旋转90度,所以读取保存的时候还得保存映射信息,3维图 ...
- CT图像分割dicom文件与nii.gz文件预处理----窗宽(window width)和窗位(window level)的设置
最近被CT图像的值弄得很烦,记录一下. CT分割也是个很热门的话题,病灶分割,器官分割等. CT图像大多是两种格式.dcm和nii.gz,当然也有别的,但这里我就不说别的,就说这两种常用的. .dcm ...
- linux csv gz压缩命令,在R中读写csv.gz文件
关于这个主题有很多关于这个问题的7000个问题,但非正确地解决了这个问题. 我有一个csv.gz文件,我想"解压缩"该文件并将其作为普通的* .csv文件.我想首先要读取csv.g ...
- Nibabel 读取 nii 文件和 nii.gz 文件
读取nii文件并且将nii文件转换为png格式 import numpy as np import nibabel as nib import os import imageio# 文件路径 nii_ ...
最新文章
- mybaits十三:使用collection分布查询
- 无监督构建词库:更快更好的新词发现算法
- 现在学Java有前途吗?Java岗位饱和了吗?
- 计算机配置里 无 管理模板,组策略里打开后没有管理模板
- idea 解决jar 的冲突
- flex 左右布局_面试必考点:前端布局知识
- Fixjs实践——标签、按钮控件
- 交换机的基本配置实验报告_交换机入门配置,最基本的IP及登录方式配置,一分钟了解下...
- Python3—元组
- (数据库篇) SQL查询~ 存在一个表而不在另一个表中的数据
- c语言刷屏函数的作用是什么,刷屏神器源码(C语言控制台版)【原创】
- 大数据有十大应用领域,看看你用到了哪个?
- Google Chrome 插件推荐
- html代码 imgn,html代码大全
- ubuntu使用ntfslabel 修改磁盘分区卷标
- 后台导出打开Excle提示:Excel无法打开文件因为文件或文件扩展名无效
- 世界气象日话“海洋气象”系列之——CMRC
- 什么是前置审批许可、后置审批许可?
- 空客设立多个零碳研究机构 致力设计制造氢动力飞机
- 嵌入式面试题整理(一)