python61到08使用说明书_phonopy中文使用说明
Phonopy 是一个由 python 实现的晶体声子分析程序。它是目前提供了 VASP 的 Wien2k 的接口用来计算原子受力。它的主要功能有:
计算声子色散谱;
计算声子态密度,包括分立态密度;
声子热力学性质,包括自由能,热容量,焓;
Phonopy 通过力常数的方法计算声子谱。力常数由计算原子在超晶胞中被移动后的受力得到(Parlinsk-Li-Kawasoe 方法)。
同样类型的程序还有phon, fropho, phonon. 其中 phonon 是商业软件,卖的很贵,fropho 和phonopy的代码其实都是来自于phon, fropho是为了代替phon而开发的,目的是为了使用phon更方便,phon和fropho主要都是由fortran开发的,而现在fropho已经停止开发,由 python 开发的phonopy代替了fropho, phonopy在使用上更为方便,在计算量上更为减少。因为phon, fropho和 phonon 在移动原子位置时都是一次只移动一个原子的一个方向,而phonopy则可以一次移动一个原子的多个方向,所以和其它程序相比, phonopy 最多可以减少 2/3 的计算量。
Phonopy是使用python以及C等高级语言编写的用于计算声子谱的程序,它可以很方便地在现有的unix或linux操作系统上进行安装。它利用VASP等第一性原理计算程序来计算有限位移下的原子受力,然后利用phonopy程序处理原子受力获得声子谱。
Phonopy使用python的matplotlib等工具包来绘图,因此在使用Phonopy绘制声子谱等图形时,要求系统有图形用户界面,对于远程机器,需要安装x-manager来获得虚拟的图形用户界面,方法如下:
在自己的pc机安装windows版本的Xmanager(推荐使用Xmanager4或以上版本)。Xmanager安装完成后启动xstart设置,输入登陆主机IP及账号信息,点击run以后会打开一个终端,在这个终端下运行命令即可绘图
工作流程
Phonopy程序工作流程主要分为前处理、力计算(VASP)或力常数计算(VASP-DFPT计算)、后处理三部分。
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