转录组-差异基因火山图

##增强版火山图1##

getwd()
gene_info<-read.csv("gene_info.csv")#gene信息表
gene_exp<-read.csv("gene_exp.csv")#行名=sample_info列名；gene表达量数据表
de<-read.csv("de.csv")#差异基因表

library(tidyverse)
de_result<-left_join(de,gene_info,by=c("id"="GID"))#关联基因信息表
de_result2<-left_join(de_result,gene_exp,by=c("id"="GID"))%>%#关联基因表达表arrange(desc(abs(log2FoldChange)))#按abs(log2FoldChange)从大到小/小到大？排序#查看差异基因总数
group_by(de_result2,direction)%>%summarise(count=n())
#install.packages("EnhancedVolcano")
#BiocManager::install("EnhancedVolcano")
library(EnhancedVolcano)
library(ggplot2)#BiocManager::install("ggrepel")
library(ggrepel)
EnhancedVolcano(de_result2,lab=de_result2$id,x="log2FoldChange",y="padj",FCcutoff=2,#改变FC阈值，默认为1pCutoff=0.01)#改变pvalue阈值，默认为0.05
#保存到csv
write.csv(de_result2,file="de_result2.csv",row.names = F,quote = F)
save(de_result2,file="de_result3.rdate")

##火山图2##

getwd()
de1<-read.csv("diff_detail.csv")#全部基因信息表
library(tidyverse)
#添加调控信息，添加一列为regulate
de1 %>% mutate(regulate = case_when(log2FoldChange>1&padj<0.05 ~ "up",log2FoldChange<(-1)&padj<0.05 ~ "down",TRUE ~ "ns")) ->de1#统计个数
table(de1$regulate)
#ggplot2绘图
library(ggplot2)
ggplot(de1,aes(log2FoldChange,-log10(padj),color = regulate))+geom_point()+scale_color_manual(values = c("blue", "gray", "red"))+xlim(-10,10)

转录组-差异基因火山图相关推荐

BIC无代码绘制差异基因火山图
无代码绘制差异基因火山图 Volcano plot | 别再问我这为什么是火山图一文解释了火山图如何解读.不太难看懂,而一旦看懂了,图也就知道怎么绘制了. 假设我们已经有了一个差异基因鉴定后的表格文 ...
ImageGP/BIC无代码绘制差异基因火山图
无代码绘制差异基因火山图 Volcano plot | 别再问我这为什么是火山图一文解释了火山图如何解读.不太难看懂,而一旦看懂了,图也就知道怎么绘制了. 假设我们已经有了一个差异基因鉴定后的表格文 ...
转录组-差异基因热图
top_de_exp<-dplyr::slice(de_result2,1:20)%>%#挑取差异最大的select(-c(2:8))%>%#去掉2-8列column_to_rown ...
跟着Cell学单细胞转录组分析(八):单细胞转录组差异基因分析及多组结果可视化
接着单细胞下游分析: 从Cell学单细胞转录组分析(一):开端!!! 跟着Cell学单细胞转录组分析(二):单细胞转录组测序文件的读入及Seurat对象构建跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细 ...
ggplot2绘制差异表达基因火山图
一.前置环境 1.1 R 语言下载对应系统的R软件 R: The R Project for Statistical Computing (r-project.org) 以win11为演示 http ...
差异表达基因-火山图和聚类图解释
想研究某现象的分子机制,老板豪气的来一句,先测个转录组吧,看下差异表达基因. 是否在心里窃喜,制个样就完事了,太easy有木有.等大堆数据回来的时候,是不是傻眼了? 从何下手挑选差异表达基因呢? 今天 ...
差异表达基因火山图（ggplot函数）
1. 读入数据差异表达基因来自limma分析结果. # read the file data <- read.csv("diff_expr_genes.csv",row.n ...
差异表达基因热图怎么看_差异基因热图绘制：heatmap.2
在RNA-seq数据分析中,差异表达基因分析是一项基本的技能,其中热图又是一种特别常见的用来展示差异表达基因分析结果的方式,今天分享一个非常好用的绘制热图的R函数:heatmap.2.该函数来自gpl ...
画个火山图，标记下基因的名字
Volcano plot | 别再问我这为什么是火山图 BIC无代码绘制差异基因火山图如何上传文件.选择文件,见上一篇文章BIC无代码绘制差异基因火山图如果想在火山图上标记基因,可以通过文本域Se ...
ggplot做火山图---添加任意基因标签|||突出显示标记基因
火山图系列我们之前已经说过很多做法了(绝美!差异基因火山图大全!),这些作图已经够用了,也是发文级别的.但是最近又看到一种ggplot做火山图的方式,然后增加了一些自己的想法,我想这个会更有意义. 话 ...

转录组-差异基因火山图

转录组-差异基因火山图相关推荐

最新文章

热门文章