记录 —— lammps

 #################### lammps 错误记录 ########################

Input script：

 **units**：lj（基于定义的reduced value确定unit），real（units基于给定的格式），详情查询manual**atom_style****boundary**：p p p 三维盒子**processors**：submit任务时，选择xyz的处理器**neighbor**：skin distance 是在cutoff之外的距离，可能有在这个距离的atom没有被计算力场，所以neighbor的目的是建立一个neighbor list并通过**neighbor_modify**对neighbor list进行检查。**pair_style**：通过potential计算公式确定pair_style，例如，12/6 lennard-Jones potential则对应lj/cut style，rc是cutoff。“针对overlap的atoms可以使用soft，对其进行push apart。先使用soft potential，然后再改为hard interactions。”——除了soft的pair style，还可以使用fix nve/limit 解决overlapping。**pair_coeff**：type-Id 作用对象 unit energy  unit length（注意units），可以用*代替：，如：1*2 3*4 指 1和2对3和4**bond_style**：potential计算公式**angle_style**： potential计算公式**dihedral_style**：potential 计算公式。在使用fourier的时候，package是user-misc。所以在使用所有style的时候，都要注意manual里restriction对package的限制。**special_bonds**：special bond的存在是为了解决1-2-3-4分子中1-4相互作用，对于cg模型，fene是一种bond，其中键势函数包括了lj。注意fene不是在bond_style中使用的，需要确定bond的style才能够在special中添加fene。**Bond_coeff**：根据style对其进行书写，一般是”type-id energy length“**angle_coeff**：同上，一般是“type-id energy degree”**dihedral_coeff**：根据style不同进行选择，在manual中查看style的coeff书写方式。如fourier，“1 m k1 n1 d1....”**group**：对不同type的bead放入不同的group，”name type num“**reset_timestep**：在读restart file的时候，将timestep提前清零

Error message

 **non-numeric pressure — unstable** ：对于目前cg的体系来说，可能由于刚开始运行，模型不稳定，需要使用更小的timestep，除此之外使用minimize对体系进行能量处理。

%%%%%%%%%%%%%%% To be continued

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