R语言,nomogram + youden index = 最佳分组grouping的cutoff值! 第一次理解可以用youden index来找nomogram的最佳分组点!先算每个患者的分ROC
##加载数据
library(rms)
bc<-as.data.frame(one) ##命名为bc
bc$sex <- factor(bc$sex)
bc$chengdu <- factor(bc$chengdu)
bc$treat<- factor(bc$treat)
bc$stage<- factor(bc$stage)
bc$zhuangyi <- factor(bc$zhuangyi) ##命名分类变量
dc<-datadist(bc)
options(datadist="dc") ##打包数据bc
fit <- lrm(s~ age+sex+chengdu+treat+stage+zhuangyi,data = bc,x=T,y=T) ##构建模型
plot(nomogram(fit, fun = function(x)plogis(x)),col.grid = gray(c(0.8, 0.95)))##生成nom图
nom <- nomogram(fit)
library(nomogramFormula)##加载nomogramFormula包
results<-formula_rd(nomogram=nom)
bc$points<-points_cal(formula = results$formula,rd=bc)##生成每个个体分数
pre<-bc$points
library(pROC)##加载pROC包
plot.roc(bc$s, pre,
main="ROC Curve", percent=TRUE,
print.auc=TRUE,
ci=TRUE, of="thresholds",
thresholds="best",
print.thres="best")##构建roc曲线
rocplot1 <- roc(bc$s,pre)
ci.auc(rocplot1)##计算ROC下面积AUC区间
R语言,nomogram + youden index = 最佳分组grouping的cutoff值! 第一次理解可以用youden index来找nomogram的最佳分组点!先算每个患者的分ROC相关推荐
- R语言使用ggExtra包的ggMarginal函数在散点图的顶部和右侧添加边缘直方图、自定义边缘直方图不同分组的填充色(Coloring Marginal Histograms)
R语言使用ggExtra包的ggMarginal函数在散点图的顶部和右侧添加边缘直方图.自定义边缘直方图不同分组的填充色(Coloring Marginal Histograms with ggExt ...
- R语言使用epiDisplay包的mlogit.display函数获取无序多分类logistic回归模型的汇总统计信息(各分组模型对应的系数及标准差、相对危险降低率RRR值及其置信区间、AIC值等)
R语言使用epiDisplay包的mlogit.display函数获取无序多分类logistic回归模型的汇总统计信息(各分组模型对应的系数及标准差.相对危险降低率RRR值及其置信区间.AIC值等) ...
- R语言ggplot2可视化移除数据中的NA值再可视化实战:消除图形中非常突出的NA柱状图、使用subset函数、使用drop_na函数
R语言ggplot2可视化移除数据中的NA值再可视化实战:消除图形中非常突出的NA柱状图.使用subset函数.使用drop_na函数 目录
- R语言游程检验:使用runs.test函数对二值序列数据执行游程检验(检验序列是否是随机的)
R语言游程检验:使用runs.test函数对二值序列数据执行游程检验(检验序列是否是随机的) 目录
- r语言 四格画图_临度科研|数据统计的理解和运用(四)列联表之卡方检验
今天我们来介绍非参数检验--迷人的卡方检验(Chi-Square test/Chi-Square Goodness-of-Fit Test). 卡方检验是一种用途很广的计数资料的假设检验方法.它属于非 ...
- R语言在图上标出点坐标_从基变换的角度理解旋转矩阵R
在理解相机坐标系时,我们一定会接触相机的外参矩阵R,它将世界坐标系下的坐标转换到相机坐标系下: 这实际上是两个坐标系之间的变换,我们知道 矩阵是一个正交矩阵,所以它的3个行(列)向量是3维向量空间的一 ...
- 关于R语言中混合线性模型summary()结果中交互作用beta值的含义
本文以2*2的实验设计为例,利用lmerTest包在R中进行混合线性模型分析,采用sum的因子编码方式,简单介绍一下在summary的结果中,交互作用的beta值的含义. 数据准备: library( ...
- R语言将字符串中的数字提取出来作为值
用到的函数 extract() 例子 首先构造数据 week <- c("week1","week2","week3","w ...
- R语言:无法精确计算带连结的p值
当你在使用cor.test,wilcoxon.test等这些函数时,不知道有没发现一个exact参数,以及是否遇到过无法精确计算带连结的p值这个warning.如果有,请往下看. 这个问题应该是很常见 ...
最新文章
- android-sdk-windows版本号下载
- 2019微生物组—宏基因组分析技术专题研讨会第四期
- python实现卡方(Chi-Squared Test)相关性检验
- AssertionError: backend 'postgresql' unavailable 与 AssertionError: backend 'mysql' unavailable
- OpenCV 对一张图片进行缩放
- oracle中primary,oracle中如何 Primary key自增
- 2021绵阳南山高考成绩查询,绵阳南山中学举行2021年冲刺高考百日誓师大会
- android开发相关资料整理【2011-11-10】
- synchronized 方法 导致插入数据插不进_synchronized 原理知多少
- 美女被偷之后.....
- Telnet服务安装及配置
- C# where()筛选方法
- DPDK - 使用 cmake 构建l2fwd多平台编译系统
- 星际译王,金山词霸,有道词典,词库下载 1
- ajax submittype,AjaxSubmit()提交file文件
- 浅谈新一代PGIS技术在智慧消防中的创新应用
- linux 查看文件内容的命令
- 我的数据库是半瓶子水的水平
- 为什么数字设计中经常使用 片选信号低电平有效,而不是高电平有效?
- Palantir的研究到金融风控(二)
热门文章
- 银河麒麟(Kylin)系统Ghost镜像文件(.kyimg)系统还原方法
- (转链接)Linux 正则表达式
- 修改本地网络映射文件
- 备战金九银十涨薪季,1000道软件测试面试题和面试经验分享
- 狂狼用计算机怎么,抖音狂浪是一种态度狂浪是起起伏伏是什么歌
- Ajax技术的先进性与局限性
- 王峰两小时闭门对话Polkadot创始人Gavin Wood实录,带你了解Web 3.0、跨链机制、程序设计及“一键发链”那些事...
- xamarin android布局
- 磕磕绊绊的双非硕秋招之路小结
- 【bzoj4715】囚人的旋律 dp