R Markdown 中实现图表的单级和多级交叉引用
交叉引用
- 图片的交叉引用
- 示例
- 用法介绍
- 表格的交叉引用
- 示例
- 用法
- 图表的多级交叉引用
R Markdown 目前并不支持图表的交叉引用和自动编号。如果需要,有一个解决方案是 captioner 包,而且同时支持 HTML 和 PDF。第一步当然是安装 R 包 install.packages('captioner')
。想要了解更多内容可访问官方教程
图片的交叉引用
示例
先上一个图片交叉引用的实例。
---
title: R markdown 交叉引用
output:html_document:theme: cerulean
---```{r setup, include = FALSE}
library(captioner)
figureNums <- captioner(prefix = "图")
figureNums(name = "label_fastqc", caption = "碱基质量分布图")
```FastQC 生成的碱基质量分布图是这样的,如`r figureNums(name = "label_fastqc", display = "cite")` 所示。![`r figureNums(name = "label_fastqc")`](per_base_quality.png)
效果如下:
用法介绍
captioner 包的主函数是 captioner()
。调用这个函数会返回一个新函数,用于创建和保存图表的标题。你可以单独为图,表,或其他需要单独编号的类型分别创建一个函数。
figureNums <- captioner(prefix = "图")
该函数有个 prefix
参数,用于设置图表编号的前缀。示例代码设置为prefix = "图"
,得到的报告中图片的编号即为“图 1”,“图 2” 等。
调用 captioner() 函数后得到一个函数,示例中命名为 figureNums
。先用此函数创建图表对象,但不用赋值给另外的变量。这个函数有两个需要设置的参数,name
和 caption
,即图表的标签和标题。
figureNums(name = "label_fastqc", caption = "碱基质量分布图")
创建了图表对象之后就可以在其他地方引用了。需要注意的是,创建图表对象的顺序决定了相应图表编号的顺序,越后创建的编号越大。交叉引用一般在正文,图注,表注中使用。引用也是调用 figureNums
函数,并通过 name
参数设置需要引用的图表,通过 display
参数设置引用的展示效果。
- 正文中的引用。
display = "cite"
引用的是图表的前缀、编号,效果如示例所示。符号 ` 一般位于键盘左上角,在 R Markdown 中用于放置行内代码。
`r figureNums(name = "label_fastqc", display = "cite")`
- 图片标题中的引用。
display = "full"
引用的是图表的前缀、编号、标题。这也是默认引用方式,效果如示例所示。
`r figureNums(name = "label_fastqc", display = "full")`
表格的交叉引用
示例
---
title: R markdown 交叉引用
output:html_document:theme: cerulean
---```{r setup, include = FALSE}
library(captioner)
figureNums <- captioner(prefix = "图")
tableNums <- captioner(prefix = "表")
figureNums(name = "label_fastqc", caption = "碱基质量分布图")
tableNums(name = "iris", caption = "iris 数据集")
```FastQC 生成的碱基质量分布图是这样的,如`r figureNums(name = "label_fastqc", display = "cite")` 所示。![`r figureNums(name = "label_fastqc")`](per_base_quality.png)展示一下 iris 数据集(`r tableNums(name = "iris", display = "cite")`)。`r tableNums(name = "iris", display = "full")````{r echo = FALSE}
library(knitr)
kable(head(iris))
```
效果如下所示:
用法
表格的交叉引用也分正文中的引用,表格标题中的引用。正文中表格的引用与图片的引用方法一致,表格标题中的引用会使用另外的包 DT(输出 HTML 格式)或 kable 和 kableExtra (输出 PDF 格式)实现。
图表的多级交叉引用
待添加…
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