POJ 3691 AcWing 1053 修复DNA

题解：

这题的做法为AC自动机和动态规划。
具体来说，我们先将不允许出现的短串建AC自动机，在每个串末尾打一个标记(注意：在当nxt[p]nxt[p]nxt[p],被打标记后，p上也要打标记，因为从根到nxt[p]所组成的字符串是从根到p所组成的字符串的后缀）
我们设置dp[i][j]dp[i][j]dp[i][j]表示处理(修改或不修改)长串的前i个字符，匹配到AC自动机中的j号节点的方案中修改字符数量的最小值为多少(也就是从根到j所组成的字符串为长串前i个字符所组成的字符串的后缀)。(不能匹配到打过标记的点)

代码如下：

#include <iostream>
#include <cstring>
#include <cstdio>
using namespace std;
const int N = 1005;
const int INF = (1 << 30);
int tr[N][4], q[N], idx;
int nxt[N], tag[N], dp[N][N];
char str[25];
char s[N];
int get(char c){if(c == 'A') return 0;if(c == 'G') return 1;if(c == 'C') return 2;if(c == 'T') return 3;
}
void insert(){int p = 0, len = strlen(str), i, t;for(i = 0; i < len; i++){t = get(str[i]);if(tr[p][t] == 0)tr[p][t] = ++idx;p = tr[p][t];}tag[p] = 1;
}
void build(){int head = 1, tail = 1, i, t;for(i = 0; i < 4; i++)if(tr[0][i]) q[tail++] = tr[0][i];while(head < tail){t = q[head];head++;for(i = 0; i < 4; i++){if(tr[t][i] == 0) tr[t][i] = tr[nxt[t]][i];else {nxt[tr[t][i]] = tr[nxt[t]][i];q[tail++] = tr[t][i];tag[tr[t][i]] |= tag[nxt[tr[t][i]]];}}}
}
int main(){int T = 0, n, m;int i, j, k, p, ans;while(1){T++;idx = 0;memset(tr, 0, sizeof(tr));memset(nxt, 0, sizeof(nxt));memset(tag, 0, sizeof(tag));scanf("%d", &n);if(n == 0) break; for(i = 1; i <= n; i++){scanf("%s", str);insert();}build();scanf("%s", s + 1); m = strlen(s + 1); memset(dp, 120, sizeof(dp));dp[0][0] = 0;for(i = 0; i < m; i++){for(j = 0; j < idx; j++){for(k = 0; k < 4; k++){p = tr[j][k];if(tag[p] == 0) dp[i + 1][p] = min(dp[i + 1][p], dp[i][j] + (k != get(s[i + 1]))); }}}ans = INF;for(j = 0; j < idx; j++) ans = min(ans, dp[m][j]);if(ans == INF) ans = -1;printf("Case %d: %d\n", T, ans);}return 0;
}

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题解：

代码如下：

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