背景介绍

苏铁俗称铁树，是地球上现存最古老的活化石植物，也是种子植物中最原始的种群。我国是世界上苏铁植物资源最丰富的国家之一，本文对我国的特有种德保苏铁（Cycas debaoensis）和仙湖苏铁（Cycas fairylakea）的两种根型：正常根和珊瑚状根，利用PacBio三代测序技术，开展全长16S测序，同时针对根部真菌群落，基于NGS测序平台开展ITS的测序研究，深入探究两种模式苏铁植物根部微生物多样性、丰度和组成， 进一步扩大了对宿主-微生物关联和共生的生态重要性的理解。

实验设计

主要结果

1. 多样性分析：研究对不同宿主、根型的苏铁根部微生物群落进行统计，获得共有与特有的OTUs，如下图所示；Alpha多样性分析显示：细菌多样性珊瑚根低于正常根，真菌在根类型和宿主类型之间的多样性指数没有显著差异(P⩾0.05)；Beta多样性分析中，PCoA分析结果显示正常和珊瑚状根细菌组之间有显著差异，而与宿主物种之间没有显著差异。真菌群落的PCoA随根类型和宿主种类略有变化。

2. 微生物组成分析：物种注释结果显示:细菌16SrRNA全部鉴定到科，部分鉴定到属;ITS由于片段短和高变异性，99%都只鉴定到门水平（下图左）。右图展示了在科和属的水平的物种组成，珊瑚型根中90%的细菌是念珠藻科，而黄杆菌科(24%)和伯克氏科(18%）是正常根中常见的种群。在属水平上，拟无枝酸菌在C.debaoensis中和游动放线菌在C.fairylakea中有更广泛的存在。真菌在科组成上，虫草科，Nectriaceae，生赤壳科和发菌科是样本中最常见的真菌群落。

3. 因为蓝藻在苏铁植物根部有重要的共生作用，本研究中单独将蓝藻门的OTU进行分析，结果显示：OUT2/6/10/20在6个样本中有不同的组合和呈现，通过PCoA分析推测，该状况与自然生境和移植个体状况有关,利用4个蓝藻全长16S序列，进行系统发育树的构建，提供了苏铁根部蓝藻的完整分类，为研究蓝藻之间的共生机制，以及为正确阐明其他相关微生物的功能提供依据。

小结

本研究中统计了基于PacBio平台开展16S全长测序进行细菌群落研究与基于NGS测序平台开展的ITS真菌群落研究结果，分析在不同的分类水平上注释物种的能力，进一步说明更长的扩增子片段可以帮助研究者获得更可靠和全面的结果。

文章链接：《Evolutionary Bioinformatics》

Doi:10.1177/1176934321989713

科研快报|二代加三代扩增子测序探究苏铁植物根部复杂微生物群落组成相关推荐

  1. 科研快报 | 三代测序技术-海水微生物态，助力海水微生态及微生物基因组研究

    PacBio研究专题 二代测序读长偏短,环境宏基因组样品研究受到了很大限制.作者通过三代测序对来自地中海的冬季混合海水样本进行宏基因组测序.利用PacBio Sequel II平台的超长读长明显可以提 ...

  2. 二代三代转录组测序分析实战班

    本文原创"生信宝典"公众号,作者陈同. 转录组大家都很熟悉了,我们之前也有几篇介绍: 转录组分析的正确姿势 39个转录组分析工具,120种组合评估(转录组分析工具哪家强-导读版) ...

  3. SPAdes混合组装二代、三代测序数据

    导读 SPAdes是2012年发表在Journal of Computational Biology上的一篇文章提出的二代测序组装软件,是目前引用量已经达到6200+,在宏基因组组装软件中引用量最高[ ...

  4. NBT：扩增子测序革命—用16S及18S rRNA全长进行微生物多样性研究

    摘要 前段时间热心肠先生导读了<Nature子刊:高通量&无偏差,分析微生物群落的新方法>. 文中摘要提到:1.几十年以来细菌16S以及真核生物18S小亚基核糖体RNA(SSU r ...

  5. Nat. Biotechnol.扩增子测序革命—用16S及18S rRNA全长进行微生物多样性研究

    本文"宏基因组"公众号原创. 作者:舟行天下 编辑:metagenome 摘要 前段时间热心肠先生导读了<Nature子刊:高通量&无偏差,分析微生物群落的新方法&g ...

  6. 一种基于三代PacBio测序数据的补洞方法

    一种基于三代PacBio测序数据的补洞方法 技术领域 本发明涉及生物信息技术领域,具体涉及DNA组装的补洞方法,它使用三代PacBio 测序数据来进行基因组数据的补洞. 背景技术 三代PacBio测序 ...

  7. 第二、三代基因组测序数据混合拼接软件综述

    第二.三代基因组测序数据混合拼接软件综述 王 昊1,陈 挺2*  (1.清华大学 计算机科学与技术系,北京 10084: 2.清华大学 计算机系.清华大学人工智能研究院,北京 10084)    摘要 ...

  8. ESTL：新型多重扩增子测序法可实现污水中 SARS-CoV-2 RNA 的精确定量和病毒溯源...

    新型多重扩增子测序法可实现污水中 SARS-CoV-2 RNA 的精确定量 Novel Multiplexed Amplicon-Based Sequencing to Quantify SARS-C ...

  9. Microbiome：16S扩增子测序研究中定量变异和生物量影响

    16S扩增子测序研究中定量变异和生物量影响 Quantification of variation and the impact of biomass in targeted 16S rRNA gen ...

最新文章

  1. SpringBatch配置数据库
  2. 创建第二个 local network - 每天5分钟玩转 OpenStack（84）
  3. 三、Eclipse快捷键
  4. 底部按钮吸附_知乎的药丸按钮（二）我的 iOS 实现
  5. 金山网盾3.5实战流氓软件
  6. Linux内核分析——Linux内核学习总结
  7. 页面打开自动触发onlick事件
  8. gis怎么提取水系_ArcGIS水文分析实战教程（7）细说流域提取
  9. 单片机应用系统设计技术——多功能出租车计费器
  10. 关于html中reset图片,关于html5中form表单的reset几种用法
  11. 防火墙的原理、主要技术、部署及其优缺点
  12. 完整JAVA学习路线图，助您从JAVA小白变身秃顶大叔，迈向JAVA成神之路
  13. python notify wait_Python中的threading
  14. flex 4 dropdownlist skin自定义 1
  15. matplotlib中cmap_定制matplotlib cmap
  16. 【Android实现返回主页，禁止返回上一层等功能】
  17. linux如何编写crontab定时脚本,linux下编写定时任务crontab
  18. Miniconda软件安装教程（Windows）
  19. 如何用matlab求函数的最值?
  20. H3C防火墙web管理

热门文章

  1. xctf攻防世界 CRYPTO高手进阶区 工控安全取证
  2. 3Ds max批量导入模型
  3. vsftpd 创建虚拟用户,添加黑名单 常见550 500报错解决方案
  4. 郑州python培训机构排名
  5. pandas读取出错：UnicodeDecodeError: 'utf-8' codec can't decode byte 0xd6 in position 0
  6. springboot+jsp高校科研项目管理系统java
  7. 计算机c盘哪些文件不能删,window7c盘哪些文件可以直接删除的？删除C盘无用文件释放空间的方法...
  8. Vue2与Vue3 setup的使用差异与对比
  9. HTML5期末大作业：商城网站设计——防锤子手机商城官网首页模板(HTML+CSS+JavaScript ) 电商网页HTML代码
  10. Android进阶高手（三）GestureBuilder手势识别是个好东西