samtools 序列比对率计算(samtools flagstat)
准备序列比对后生成的 bam 文件或者 .sam 文件
samtools flagstat .bam文件 > flagstat.tax
![](/assets/blank.gif)
结果解释
从第一行至第十一行分别表示:
QC pass的reads的数量为2499971,未通过QC的reads数量为0,意味着一共有2499971条reads;
重复reads的数量,QC pass和failed
比对到参考基因组上的reads数量;
paired reads数据数量;
read1的数量;
read2 的数量;
正确地匹配到参考序列的reads数量;
一对reads都比对到了参考序列上的数量,但是并不一定比对到同一条染色体上;
一对reads中只有一条与参考序列相匹配的数量;
一对reads比对到不同染色体的数量;
一对reads比对到不同染色体的且比对质量值大于5的数量。
http://www.taodudu.cc/news/show-4864579.html
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