PASSKEy使用细节
文章目录
- 1、PASSKEy简介
- 2、PASSKEy运行环境
- 3、PASSKEy流程
1、PASSKEy简介
PASSKEy是基于Fortran90开发的并行流注等离子体耦合求解器,可用于计算包含复杂化学反应的气体放电低温等离子体中的电场、组分浓度和流体动力学时空演化过程。该代码由朱益飞博士在巴黎综合理工学院(等离子体物理实验室,LPP)开发,并在等离子体动力学重点实验室和等离子体计算工坊团队支持下,由陈贤聪发展完善。
Passkey线上网址:http://www.plasma-tech.net/parser/passkey/
2、PASSKEy运行环境
Fortran:
百度网盘Fortran2015链接:https://pan.baidu.com/s/1jsltapFCvrK7I1Z5Cf4hMg
提取码:rgpeLinux+ifort(MKL库):
https://software.intel.com/content/www/us/en/develop/tools/oneapi/base-toolkit/download.html?operatingsystem=linux&distributions=webdownload
3、PASSKEy流程
- 1、打开官网http://www.plasma-tech.net/parser/passkey/,进入download,如以下界面,我们需要提前准备好三个文件bolsig输出文件(*.dat),物理模型和化学反应机理文件(PASSKEy.inp),网格信息和数值算法文件(coefficients.inp)。分别点击
load
上传三个文件,然后在下方Email处输入邮箱,输出结果(邮件附件)一分钟左右会发送到邮箱。
得到的邮件内容如下:(里面附送了PASSKEy的中、英文说明使用书)
- 2、接下来用户自主编写主程序udf_main.f90(执行程序计算和输出)和udf_geometry.f90(画放电几何图)
udf_main.f90:
udf_geometry.f90:
- 3、把邮件中的code_bin, code_gen文件夹下的所有文件以及batch_slurm, makecase_run,udf_geometry.f90,udf_main.f90复制到Linux环境下,如下图:
- 4、加载intel Fortran(我是在超算服务器上操作的,第一行是超算要求的命令),输入命令
module load intel/
,双击Tab
键,会自动提示相对应的版本,然后运行module load intel/20.4.3-ls-public4
加载最新版本的Fortran。
- 5、编译,首先把makecase_run变成可执行文件(选中makecase_run,右击鼠标,如下图,把红色框中的三个x都选中,点击ok)
接下来就是执行makecase_run。首先cd + 路径
,然后ls
打开目录,可以看到makecase_run为绿色(可执行),如果是白色就重复上一步。最后./makecase_run
执行。
执行完后,打开目录查看,可以看到如下图,.o文件都会被编译,生成PASSKEy.exe可执行文件。
- 6、执行PASSKEy.exe文件。此时还需要两个文件coefficients.input和voltage.input文件,把这两个文件放到以上目录下。如下图所示。
准备好所有文件以后就可以执行PASSKEy.exe文件了。有两种执行方式,1、直接在命令行中输入./PASSKEy.exe
(如果要停止Ctrl+C
);2、提交脚本sbatch batch.slurm
(在超算中如果要停止scancel+题号
)。操作如下
有关一些超算的命令大家可以看我前面的博客。
到这里PASSKEy就执行完成了。(PASSKEy说明书见附件)
对于输出结果的一些后处理在下篇博客整理。
2021/8/17
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