关键时刻还得看咱生信工程师

最近在线绘图网站有点火，连续有文章发表出来，有人高呼，生信工程师要失业了，这种想法好傻好天真。

这不，问题来了。

正好借此解决问题的机会，科普一下为何不能过度依赖网站，而是应该把基础打好，特别是从业人员。

问题是这样的，有朋友在某网站画一个雷达图，她的数据是：

kable(tb)

Group	CELL CYCLE	HIPPO	MYC	NOTCH	PI3K	RTK-RAS	TGF-β	TP53	WNT
Metastasis	9	30	7	29	15	25	9	17	30
NonMetastasis	1	23	5	21	11	25	10	16	19

结果出错了，报错信息如下：

Error: 'plot.data' contains value(s) > grid.max

凭经验，网站后台画图调用的是ggradar这个包，错误信息的意思是：

用于画图的数据表包含大于 grid.max 这个参数的值。

我们查看一下ggradar包的帮助：

ggradar(plot.data,base.size = 15,font.radar = "sans",values.radar = c("0%", "50%", "100%"),axis.labels = colnames(plot.data)[-1],grid.min = 0,grid.mid = 0.5,grid.max = 1,...

可以看到，grid.max 的默认值是 1，如果用于画图的数据表中有值大于 1，自然就会出错。

雷达图类似于一个蜘蛛网，由各种圆圈以及连线组成，下列 3 个参数用来设置圆圈：

grid.min，最小值，即最小的圆圈代表的值
gird.mid，中间值，即中间圆圈代表的值
grid.max，最大值，即最外层圆圈代表的值

这 3 个值定义好之后，数据表中的值就可以在雷达图上找到自己的位置了。

默认情况下：

grid.min = 0
grid.mid = 0.5
gird.max = 1

这表示ggradar默认是为归一化数据作图的，而输入数据没有归一化，所以报错了。

找到了原因，解决方法也就有了：

将数据归化，然后画图
改默认参数，然后画图

我们这里通过改默认参数来画图：

library(ggradar)ggradar(tb, grid.min = 1,grid.mid = 15,grid.max = 30, values.radar = c(1,15,30))

非常丝滑。

ggradar包还有非常多的参数可用于定制雷达图，比如调整各种线条的颜色以及字体大小等，可以根据需要进行修改。

在线工具有时候不靠谱，关键时刻还是需要线下工具（人）。

我最后把在 Rstudio 里面用 ggradar 画图的代码给朋友看，她惊呼：天哪，就这么简单吗，难道我真要学 R ？

粉丝福利

学生信，计算机基础一定要好。毫不夸张地说，计算机基础决定了你能否入门，而生物学修养决定你能走多远。没有出发，如何走得远？

从零开始学生信交流群，免费咨询，量身定制学习计划

关键时刻还得看咱生信工程师相关推荐

肿瘤NGS测序公司生信工程师水平划分
生信工程师能力划分 1.大头兵 (1)初级生信工程师工作职责任职要求 (2)中级生信工程师工作职责任职要求 (3)高级生信工程师工作职责任职要求 2.主管/经理职位描述任职要求 3.总 ...
【lnmp】require(): open_basedir restriction in effect.【百度不是万能的，关键时刻还得靠自己】
TP5的项目,多模块设置多多个站点入口: 推上线时一堆问题,之一:权限问题由于所有模块公用 thinkphp框架文件,在调用时报错 require(): open_basedir restricti ...
送书 | 知乎阅读300w+的生信学习指南（更新版）
先送书在上周的留言送书活动中,恭喜下面这位读者获得书籍"Oracle高性能系统架构实战大全",请及时与生信宝典编辑(shengxinbaodian)联系. 2020过去三分之一了 ...
生信宝典：生物信息学习系列教程、视频、资源
生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题.但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程 ...
引用另一模板的宏_生信人值得拥有的编程模板Shell
前言 "工欲善其事必先利其器",生信工程师每天写代码.搭流程,而且要使用至少三门编程语言,没有个好集成开发环境(IDE,Integrated Development Environ ...
事态升级是什么意思_为什么有的人越到关键时刻越容易掉链子？记住不要有“赌徒心理”...
今天,为大家分享晚清重臣曾国藩的一句话,讲述的是"赌徒心理". 生活中,往往会有这样一种怪象,很多人平时能力很强,表现也不错,但是一到关键时刻就容易掉链子,将一腔心血付诸东流,无奈 ...
生信软件c语言,科学网—[转载]没有docker我真的不想动这样的生信软件 - 张成岗的博文...
没有docker我真的不想动这样的生信软件 2020-03-26阅读 2620 C语言源代码需要编译的软件最开始开发者都是C语言流派, 所以标准的源代码安装三部曲即可,即使 configure+ma ...
生信人值得拥有的编程模板-Shell
前言 "工欲善其事必先利其器",生信工程师每天写代码.搭流程,而且要使用至少三门编程语言,没有个好集成开发环境(IDE,Integrated Development Environ ...
生信人写程序2. Editplus添加Perl, Shell, R模板和语法高亮
https://www.editplus.com/ 前言 "工欲善其事必先利其器",生信工程师每天写代码.搭流程,而且要使用至少三门编程语言,没有个好集成开发环境(IDE,Inte ...

关键时刻还得看咱生信工程师

粉丝福利

关键时刻还得看咱生信工程师相关推荐

最新文章

热门文章