生物信息学之rnaseq转录组分析流程--转换文件中的ensemble id到gene名
生物信息学之rnaseq转录组分析--转换文件中的ensemble id到gene名
- 如何解决转录组分析中count之后遇到ensemble id的问题
- 一个将ensemble id转换成gene名的python 脚本
如何解决转录组分析中count之后遇到ensemble id的问题
亲亲们好，我们做生物信息转录组分析的时候，可以走如下流程鸭：
获取fastq或者fasta原始文件；将下载好的序列文件比对到参考基因组上；得到bam后就要开始统计每个基因实际测到了多少reads：这里推荐htseq-count软件。计数之后应该生成一个txt文件包含样本名和ensemble id的矩阵了，比如下面ENSG开头的东西：
ensemble id这个东西是数据库记录方便使用的，但对于我们来说是非常不友好的，因为我们对基因名是直观的，所以我们就需要将ensemble id转换成gene名字。
一个将ensemble id转换成gene名的python 脚本
很遗憾，市面上没有写好的ensemble id转换软件，所以我们只能自己动手咯
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