免费虚拟筛选软件 - PyRx
PyRx是一款集成了autodock与vina程序且在windows平台上的虚拟筛选软件。目前只有0.8版本是免费的(grosetta后台回复:‘pyrx’),其余的版本都存在版权限制。
软件具体操作步骤如下:
1. 设置所需程序路径
打开软件后,依次点击:
edit
>>preferences
,将会弹出以下页面,找到autodock4.exe 、autogrid4.exe 、及vina.exe所在路径。
2. 处理受体分子
随便什么软件都行: pymol、sybyl、DS等都行,目的就是除去水分子、抗衡离子、以及蛋白的多聚体等。
3. 导入受体分子
file
>> load molecule
选中导入的大分子,鼠标右键
>> Autodock
>> Make Macromolecule
4. 导入配体小分子
将sdf格式的小分子集按照下图箭头所示导入(需要注意的是:如果报错,就把配体分子文件放在pyrx安装目录下)
导入后,上方图形界面会显示小分子三维结构
右击导入的配体分子,转为pdbqt格式,如下图所示:
5. 运行vina对接程序
由于盒子信息是手动调节的,比较粗略,所以还是要有个参考信息比较好,往期推送过的
pymol插件'getbox'
就可以获取比较精确的盒子信息,以此为标准可以适当调整。
下图是最后的对接结果:
6. 运行Autodock对接程序
这里是由于我随便设置的盒子信息,以及随便找的俩小分子,所以没对接上,什么也没有输出。
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