linux安装cdo

cdo: 强大的气象类数据处理软件。
1、数据的提取合并（提取特定时间、空间、经纬度等等）
2、数据的简单运算（加减乘除、方差、均方差、和、最值、滑动均值、滑动方差、滑动最值、区域平均、区域方差、区域最值等等）
3、数据的统计运算（相关、线性回归、EOF、滤波、水平插值、垂直插值等等）
4、数据的转换（binary转nc、HDF转nc等等）
5、各种气候指数的运算（极端有关的指数等等）
我这里主要用到cdo去裁剪气象文件（后缀名为.nc的文件），按照经纬度裁剪，只留下广东省的气象数据。

要安装cdo，就要先看装zlib、hdf5、netcdf

1、安装jdk

yum install java-1.8.0-openjdk* -y
查看版本
java -version

2、安装zlib

yum install -y zlib zlib-devel
查看安装的动态链接库
ldconfig -v | grep zib

3、安装hdf5

yum install hdf5

4、安装netcdf

yum install netcdf
yum install netcdf-devel

5、安装cdo

cdo各版本下载链接

https://code.mpimet.mpg.de/projects/cdo/files

现在windows环境下下载下来，然后解压之后在通过Xshell上传到linux环境，切忌不要再linux环境下解压（无法解压）

编译、安装cdo

先配置(如果不配置，cdo部分命令会报错)
./configure --prefix=/usr/local CFLAGS=-fPIC --with-netcdf=/usr/local --with-hdf5=/usr/local
编译
make
安装
make install
配置环境变量( /usr/local/bin/cdo 跟着放在PATH路径的后面，不要覆盖 )

vim /etc/profile
export PATH=/usr/local/bin/cdo
source  /etc/profile

查看版本
cdo -v

执行裁剪命令
cdo sellonlatbox,107.8,117.530,17.87,23.833 /home/haiyue/hyhl/file/copyFile/HYCOM_YU/romsout_20201210.nc /home/haiyue/hyhl/file/smallFile/HYCOM_YU//romsout_20201210_small.nc

5、用java代码实现裁剪命令

public class CDO {private String workPath ;CDO(String workPath)  {if(null ==workPath){this.workPath ="/cdo";} this.workPath =workPath;}public String getWorkPath() {return workPath;}public void setWorkPath(String workPath) {this.workPath = workPath;}public void split(String sourcePath,String targetPath,String options)  {Process  process =null;InputStream in =null;try {StringBuffer commonBuffered =new StringBuffer();ProcessBuilder processBuilder;String commond = "cdo";commonBuffered.append(commond);commonBuffered.append(" ");commonBuffered.append(options);commonBuffered.append(" ");commonBuffered.append(sourcePath);commonBuffered.append(" ");commonBuffered.append(targetPath);// windows环境下利用cdo进行裁剪if(isWindows()){processBuilder = new ProcessBuilder("cmd","/c",commonBuffered.toString()); // 创建进程管理实例，查看目录processBuilder.directory(new File(this.workPath)); // 工作目录processBuilder.redirectErrorStream(true);process=processBuilder.start();in=process.getInputStream();}else {// linux环境下开始执行cdo裁剪命令in=Runtime.getRuntime().exec(commonBuffered.toString()).getInputStream();}} catch (Exception e) {e.printStackTrace();}finally {try {if(in !=null) in.close();} catch (IOException e) {System.out.println(e.getMessage());}if(process!=null)process.destroy();}}/*** 检查当前系统是否为windows系统* @return*/private static boolean isWindows(){String os = System.getProperty("os.name");  return os.toLowerCase().startsWith("win");}}

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