生信人应该这样学linux

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Linux-0-生信入门环境

工欲善其事必先利其器，这一节课主要以Windows系统为例，介绍了用Linux编程之前需要下载并安装的软件：Xshell，git，markdown，Winscp，幕布以及notepad++。介绍了如何下载并安装R及R的操作软件Rstudio，在Rstudio里进行了简单的命令演示以及如何安装并调用包，需要注意的是，所有软件推荐从官网进行下载，并且在安装的时候默认进行，基本不需要改动任何选项。对于Windows用户要把所有软件装在C盘，对于Mac用户则默认安装，安装软件时勿出现中文路径。

Linux 1 学习资源介绍

视频介绍了学习linux需要用到的学习资料，包括一本书：Linux命令行与shell脚本编程大全，以及以前的学员写的很详细的学习经验。学习linux这种系统的知识很有效的是记笔记，如果要很系统的学下来可以读书辅助视频，而对于常用到的命令，最好的方法就是背下来。

Linux 2 系统知识

Linux属于交互式，与Windows以及Mac的可视化程度、可操作性都不同，最大的特点是可以进行批处理。视频介绍了初初接触Linux时如何登陆、如何切换用户以及如何查看电脑内存及硬盘等命令。

Linux 3 去可视化的命令行

Linux的特点是批量、高效、多用户，而其缺点则是不同于通常使用习惯的Windows或者Mac系统的鼠标可视化操作。因此需要熟知一些常用的命令，视频从history、ls、以及sleep等常见命令引入，与鼠标可视化操作做对比以及举例，介绍了Linux去可视化的常用命令，例如ls：查看当前文件夹、pwd：查看当前位置、mkdir：新建文件夹、cd ~：回到home、df-dh：磁盘整体使用情况、cat > ：写入文本，等等这些命令是需要背下来的，熟能生巧。

Linux 4 文本处理

Linux中的指令格式为命令+参数+文件/目录，但在实际使用过程中并非严格如此。视频以实际应用为基础，介绍了从下载文件到查看文件再到对文件内容进行索引、排序等一系列命令。例如用wget从指定URL下载文件，用wc查看文件列数，用head/tail查看文件前/后十行内容，以及用grep、awk、sort命令来检索文件内容。

Linux 5 软件安装

熟悉了Linux中常用命令之后就需要安装一些软件来实际应用了，Linux中软件安装是怎样的呢？视频以bowtie2这一比对软件为例，首先搜索到软件的下载地址，选择对应自己系统的软件版本，最好是选择二进制下载方式，这样下载好之后解压就相当于安装好了，可以直接使用了，若非二进制格式，则需要先解压（unzip或者tar命令）然后安装（make），最后，若看到帮助文档则表示安装成功。

Linux 6 环境变量

软件安装好之后就要使用了，而有时候直接输入软件名称却找不到，这时就有三种方法来调用刚刚安装好的软件：一是以命名的方式赋值变量，此时使用软件时名称前面需加$符号；二是使用alias方法后可直接使用软件；三是设置环境变量echo $PATH添加export PATH后可使用软件，调用成功后可以用version命令来查看软件版本。视频仍以bowtie2为例，讲解了如何调用这一软件，之后如何用这一软件进行查看索引、建立索引以及进行比对。

Linux 8 shell脚本编程

视频通过几个方面讲解了Linux中脚本编程，一是变量，变量是指代码中的可变部分，可以赋值可以索引；二是参数，在程序运行时变换参数会得到不同的结果；三是通配符，像ls、rm就是一种通配符，最常用通配符是“*”，表示可替换部分；接着是标准头文件，里面包含的信息有作者、联系方式等等，不是脚本所必须；四是循环，由于Linux中经常批量处理，对于类似命令就可以写成循环代码，常用for、while等等；五是输入输出，运行的脚本可以输出到终端，也可以输出到文件夹，看自己需要了

Linux 9 shell脚本要学好（纠正配置文件）

测序结果通常不止一个样本，因此在处理时要写好脚本进行批处理，但是有时由于样本命名的问题，导致fq文件匹配错误，bam文件生成失败。因此本节课介绍如何检查配置文件、如何将有问题的样本挑出以及如何重做配置文件。需要注意的是为了避免数据处理出现问题，样本不要以数字开头命名以及出现不同类型的杠号。

Linux 10 文本处理（常见命令细讲）

Linux命令在实际应用过程中会有各种各样的组合去得到需要的结果，这是一个融会贯通的过程。本视频详细讲解了grep、cut、awk以及sed等待命令的各种用法，这些命令加上不同参数会有不同的结果。视频还展示了在实际处理GNS数据时常用数据排序，直观的看到命令的使用频率，学习起来做到有的放矢。

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Linux-0 生信入门环境

讲解安装生信入门的必要软件（Git、x-manager、typora\notepad++、R-studio）及一些R-studio的基本使用。

Linux-1 学习资源介绍

讲解入门Linux的一些开始步骤和经验。

linux-2 系统认知

讲解Linux系统的一些特点（交互式、多用户）和基本命令（grep、管道、history、su切换用户、登录 : ssh 用户名@ip地址）

Linux-3 去可视化的命令行

top: 实时动态地查看系统的整体运行情况。

sleep 10 ：睡眠10秒、

&：任务在后台运行

ps -ef : 标准格式显示进程

ifconfig : 显示或配置网络设备

ls 、cd - ：回到上一个目录

tab : 补全

pwd、*通配符、mkdir、touch

echo：内容打印到屏幕

rm、mv、cp、cat、head

> ：重定向

Ctrl +c ：终止命令

批量、高效、多用户（Linux特点）

相对路径和绝对路径

df -dh : 磁盘整体使用量

Linux-4 文本处理

wget：从指定的URL下载文件

wc : word count, 文件的Byte数、字数或是列数

head、tail、more（q退出）、cat、less（-s:单行过长超出部分不显示 - N :显示每行行号）

grep :查找符合模式的行 -n ：列出行号

cut ：选择每行指定位置输出

sort : 排序

tr：将一组字符变成另一组字符。

安装软件步骤

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