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aspera只能安装在用户目录，创建用户

下载链接可在IBM网站获取

Aspera - Connect | IBM

d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/connect_latest/v4/bin/ibm-aspera-connect_4.1.0.46-linux_x86_64.tar.gz

也可以从本地使用WinSCP上传到服务器

adduser wyl
su wyl
cd /home/wyl
wget https://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/connect_latest/v4/bin/ibm-aspera-connect_4.1.0.46-linux_x86_64.tar.gz
tar -zxvf ibm-aspera-connect_4.1.0.46-linux_x86_64.tar.gz
./ibm-aspera-connect_4.1.0.46-linux_x86_64.sh# 记得切换到root模式添加环境变量，不然就只能在用户下使用
su root
echo """export PATH=\"/home/wyl/.aspera/connect/bin:\$PATH\" """ >> ~/.bashrc
source ~/.bashrcascp -h

下载单个（批量）SRA

ENA Browser查找SRA数据

单个下载

# 如：使用aspera以最高300m限速下载EBI数据库里的SRR11966532_1.fastq.gz文件到/mnt/sra目录ascp -QT -l 300m -P33001 -i /home/wyl/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR119/032/SRR11966532/SRR11966532_1.fastq.gz /mnt/sra# ascp各个参数使用可以用ascp -h查看

批量下载

1. 创建srr.list

cat srr.list
SRR11903615
SRR11903616
SRR11903617
SRR11966532

2. 在同一文件夹创建asperaBulk.sh

vi asperaBulk.sh
# 按i进入insert模式，输入以下代码
-------------------
#!/bin/bash
for i in $(cat srr.list)
dox=$(echo $i | cut -b1-6)y=$(echo $i | cut -b10-11)echo "vol1/fastq/${x}/0${y}/${i}/${i}_1.fastq.gz" >> id_trim.txtecho "vol1/fastq/${x}/0${y}/${i}/${i}_2.fastq.gz" >> id_trim.txt
doneascp -v -QT -l 300m -P33001 -k1 -i /home/wyl/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --mode recv --host fasp.sra.ebi.ac.uk --user era-fasp --file-list id_trim.txt /mnt/srarm id_trim.txt
# 按Esc退出insert模式，按:wq保存退出vi编辑

x，y的抓取可以根据SRR号长度更改，主要要符合EBI的模式可以找到目标文件

cut -b1-6 抓取字符串第1为到第6位

3. 下载

# 在放置srr.list和asperaBulk.sh的目录内运行
sh asperaBulk.sh

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参考链接:https://www.jianshu.com/p/680e8d720516 1. 下载Aspera Connect:在命令行输入如下命令 wget http://download.aspe ...
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Ubuntu18.04安装Aspera批量下载SRA数据

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