蛋白质数据库(PDB)是一个生物大分子(如蛋白质和核酸)数据库,内容包括由全世界生物学家和生物化学家上传的蛋白质或核酸的X光晶体衍射或者NMR核磁共振结构数据,这些数据可以通过PBD的会员组织(PDBe、PDBj、RCSB)免费获取,提供给全球研究人员、教育者和学生。PDB是由世界蛋白质数据库(Worldwide Protein Data Bank,wwPDB)管理。

完整的PDB文件提供了非常多的信息,包括原子坐标、作者、参考文献、晶体结构因子、NMR实验数据以及结构说明,如二硫键、螺旋、片层、活性位点。

PDB文件里面的每个记录都有着严格的格式。每个记录中的字段, 如标识、原子名称、原子序号、残基名称、残基序号等,不仅要按照严格的顺序书写,而且每个字段所占的字符串长度,及其所处的位置都是严格规定好的。这些记录中,通常最关心的是原子记录,其详细说明可参考PDB原子记录官方文档。

PDB文件本质是一种ASCII码文件,可以用普通的文本编辑器编辑,也可以用专业软件编辑。不过要展示该文件所表示的蛋白质三维空间结构则需要借助相关软件,例如通过winCoot、Moe、PyMol、RasMol、Chimera、VMD、Swiss-PdbViewer等软件查看、编辑。

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