Ubuntu20.04安装ANTs
本教材来自官网和知乎,非零基础向。
官网教程:
https://github.com/ANTsX/ANTs/wiki/Compiling-ANTs-on-Linux-and-Mac-OS
以及来自知乎 吴小粥博士:
https://zhuanlan.zhihu.com/p/117609588
PS(好巧,我俩同姓,有缘分)。
其实官网教程给出了两种安装,一种是SuperBuild,也给出了示例的sh脚本,一种是cmake自己编译。
两种我都试过了,给大家排坑了,SuperBuild我个人在linux运行的时候报错了,输出的installation文件夹是空白,我仔细检查了下它的脚本,脚本里指定下载的是2.3.1版本,加上脚本又报错了,我没细纠报错原因(其实是忘记截图了),而且我个人不喜欢这种限定死版本号的方式(主要他是8个月前发布的,截止到今天貌似是2.3.4版本了),所以我就用cmake自己编译了。
总的来说,编译流程还算顺利,看了官网给的教程,要建立build和install文件夹,但是我发现了知乎里有位同行写的更详细,我就把地址搬过来了,她的辛苦值得肯定。
按照她的流程走了一遍,很顺利,这里我只贴出来命令,建议大家还是去文章地址去观看,另我再写点自己的想法。
#回到桌面
cd
#下载ANTs源代码
git clone https://github.com/ANTsX/ANTs.git
#下载cmake
wget https://cmake.org/files/v3.21/cmake-3.21.0-linux-x86_64.sh
#安装cmake
sh cmake-3.21.0-Linux-x86_64.sh
sudo apt-get install cmake-curses-gui
#创建文件夹build和install
mkdir build install
cd build
#开始编译
ccmake ../ANTs
make -j 2 2>&1 | tee build.log
这里,如果说没有tee命令(一般是有的),那就可以换成:
make > build.log 2>&1
这个build.log其实主要是为了记录运行的log,如果报错会记录在log里,方便回查问题。
成功的界面:
编译完成后,您将看到一个子目录ANTS-build。这是运行安装的位置。
cd ANTS-build
make install 2>&1 | tee install.log
然后把opt/ANTs放到/usr/local下面(注:这一步不是必须,只是我个人喜欢整洁的界面,所以我把软件都放在/usr/local下,你也可以不放,直接就设置环境)
然后设置路径,把{HOME}替换成自己想要的地方,比如我是放在了/usr/local下面。
export ANTSPATH=usr/local/ANTs/bin/
export PATH=${ANTSPATH}:$PATH
检查安装:
对于这个文章我多提几句话,官网说用cmake编译,运行的时候用了ccmake命令,所以cmake-curses-gui是要安装的,安装了才有ccmake命令。
然后就是关于一些参数的设置成off,上面那个文章里讲的是对的,但是不全,比如我按照她的设置就报错了。这个时候我反过来看官网教程,我发现官网给的脚本里其实写出来了要设置成off的地方,如图官网脚本所示:
基本大家报错的地方,跟文章不一样的地方,可能90%都是这里,把这个跳过去基本就没坑了。
另外,这个我是用的官网默认的双线程运行的,我的电脑大概运行了1小时不到,有点慢,大家可以根据自己的电脑改成4线程,但是新手的话还是跟我一样吧。
个人感觉,这个安装不难,跟着官网教程走基本就ok,目前全网应该没有比我更详细和友善的中文教程了。
写这个教程,主要还是因为自己得益于开源软件,所以也就写下这个帮助不熟悉linux的医学生入门,能用上软件,做好科研。如果你在这篇的指导下安装成功,麻烦给我一个赞或者留言成功,让我开心下。
我下ANT主要是为了用mrtrix计算AFD,但是我没弄明白,这个ants算法,和FSL的fsl_ant算法的区别。
话说回来,我觉得mrtrix3用起来还挺舒服和顺手的。。。。就是mrview比较坑爹。
日常感谢开源,感谢开发ANT的贡献者们。
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