Hic-pro的结果文件转化为.hic文件,在juicebox中实现可视化
hic数据经过Hic-pro处理后,会生成allvalidpairs文件,这是所有有效配对的文件。一般想要可视化的话,比较复杂。这时我们就可以把它转化为.hic文件,放到juicebox中就很好的可视化。
juicer中的pre命令是用来做这个事情的。只要你的数据符合pre命令处理的格式,这个就很简单。具体用法:https://github.com/aidenlab/juicer/wiki/Pre
但有时我们的Hic-pro的结果文件不符合pre的格式,就需要使用hicpro2juicebox.sh这个脚本进行处理。
1.下载hicpro2juicebox.sh及juicetools(必须)
从github中下载脚本
从github下载juicetools
2.处理allvalidpairs文件(必须)
因为我的文件是从GEO数据库下载的,所以要进行下处理。
先需要解压缩,需要注意的是,解完压缩后,是一个 TXT 文件。所以必须修改文件后缀,把TXT后缀去掉。
比如: allvalidpairs.txt -> allvalidpairs
3.修改hicpro2juicebox.sh(非必须)
在脚本的137行和140行中,有一个参数**–parallel=4**是针对与服务器有GNU的,如果服务器没有GNU的话,就必须要删除这个参数。
awk '{$4=$4!="+"; $7=$7!="+"; n1=split($9, frag1, "_"); n2=split($10, frag2, "_"); } $2<=$5{print $1, $4, $2, $3, frag1[n1], $7, $5, $6, frag2[n2], $11, $12 }$5<$2{ print $1, $7, $5, $6, frag2[n2], $4, $2, $3, frag1[n1], $12, $11}' $VALIDPAIRS | LANG=C sort -T ${TEMP} -k3,3d -k7,7d -S 50% --parallel=4 > ${TEMP}/$$_allValidPairs.pre_juicebox_sortedelseawk '{$4=$4!="+"; $7=$7!="+"} $2<=$5{print $1, $4, $2, $3, 0, $7, $5, $6, 1, $11, $12 }$5<$2{ print $1, $7, $5, $6, 0, $4, $2, $3, 1, $12, $11 }' $VALIDPAIRS | sort -T ${TEMP} -k3,3d -k7,7d -S 50% --parallel=4 > ${TEMP}/$$_allValidPairs.pre_juicebox_sorted
4.运行命令
bash juicebox.sh -i /slst/home/ningwei/data/CRC/FHC/FHC-1_ALL -j /slst/home/ningwei/package/juicer_tools_1.22.jar -g hg19 -o /slst/home/ningwei/data/CRC/FHC/hicdata
-i 需要进行转化的allvalidpairs文件
-j juicetools
-g 参考基因组
-o 输出目录
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