lammps计算聚合物例子_有了它,实验人员入门计算超容易!材料设计与性质预测平台(MedeA)...
MedeA是全功能材料设计与性质预测平台,对材料及相关领域问题提供快速且可靠的解答,其应用领域非常之广,如电力发电、汽车、储能、合金设计、微电子及石油化工、航天航空、电池等行业。
在MedeA平台中,能够创建各种材料模型、提供多种材料计算模拟方法、直接预测材料多种理化性质、对计算结果可视化分析,利用Flowchart功能简化整个工作流程。友好的软件界面及清晰的软件架构为建模、计算、分析、决策全过程提供了快捷及便利。
MedeA图形界面MedeA软件三大架构
Welcome MedeA Bundle(用户图形界面)
Jobserver(作业管理)
Taskserver(计算管理)
MedeA软件架构
Welcome MedeA Bundle(用户图形界面):提供建模、结果分析等用户工具界面。提供各种建模工具、计算引擎及理化性质预测模块,提交计算任务,分析计算结果。
InforMaticA(数据库):提供了世界上最完整的晶体数据库(近1000000条晶体结构及二元相图数据),其中包括Inorganic Crystal Structure Data(ICSD)、Crystallography Open Database(COD)、Pearson’s Data File(Pearson)、Pauling和NIST Crystal Data(NCD)。数据库搜索采取多条件组合搜索方式。
JobServer:负责管理查看和控制所有计算任务及文件,通过JobServer有序管理成千上完个计算任务。在计算任务执行过程中,客户即使不连接MedeA-Bundle界面,也可以通过网页浏览器连接到JobServer查看所有计算任务的状态及相关输入输出文件。
TaskServer:负责调用各种计算及性质预测模块。JobServer与TaskServer共同负责整个计算任务的顺利执行。MedeA包含的全部模块
建模工具
1、 Bundle-基本建模工具(分子、晶体、表面、吸附、掺杂结构等)
2、 Nanostructure-纳米结构建模工具(Nanoparticle、Nanotube、Nanowrap)
3、 Polymer Builder-聚合物模型创建工具
4、 Interface Builder-界面建模工具
5、 Amorphous Builder-无定型材料建模工具
6、 Thermoset Builder-热固性材料建模工具
7、 Docking-孔结构对接分子建模工具
数据库模块
8、 InfoMaticA-数据库管理及搜索模块
9、 ICSD-无机晶体数据库
10、COD-晶体结构数据库
11、Pearson’s-无机晶体数据库
12、NCD-金属晶体数据库
13、Pauling-二元相图数据库计算及性质预测模块
量子力学VASP
14、VASP-第一性原理计算模块(整合VASP最新版本)
15、Transition State Search(TSS)-基于VASP模块的过渡态搜索工具
16、Electronics-基于VASP模块的电子输运性质预测工具
17、Phonon-基于VASP模块的声子性质预测工具
18、Mechanical Thermal(MT)-基于VASP和LAMMPS模块的力学热力学性质预测工具
19、UNCLE-基于VASP模块的介观尺度计算工具
分子动力学LAMMPS
20、LAMMPS-分子动力学计算模块
21、Forcefields-力场模块,为分子动力学和蒙特卡洛计算提供权威力场
22、EAM-适用于金属合金体系的Embedded Atom Method
23、Thermal Conductivity-基于LAMMPS模块的热导性质预测工具
24、Diffusion-基于LAMMPS模块的扩散性质预测工具
25、Viscosity-基于LAMMPS模块的粘度性质预测工具
26、Cohesive Energy Density-基于LAMMPS模块的内聚能密度性质预测工具
27、Surface Tension-基于LAMMPS模块的表面张力预测工具
力场优化工具
28、Forcefield Optimizer—基于第一性原理分子动力学的力场优化工具蒙特卡洛GIBBS
29、GIBBS-蒙特卡洛计算模块
半经验量化MOPAC
30、MOPAC-半经验量化计算模块
聚合物性质预测
31、P3C-聚合物性质预测模块,Prediction of Polymer Properties using Correlations
晶体形貌预测工具
32、Morphology—晶体形貌预测工具
高通量计算工具
33、MedeA-HT-高通量计算及高通量取代模型创建工具
MedeA-HT模块分为三部分:MedeA HT-Launchpad、MedeA HT-DataAnalysis、MedeA HT-Descriptors硬件推荐配置
客户端配置要求
支持64位的Windows系统:Win7、Win8、Win10、Windows Server
支持64位的Linux系统:Redhat Enterprise Linux、Oracle Linux、SuSE、CentOS、Fedora、Ubuntu、Debian
服务器端配置要求
支持64位的Windows系统:Win7、Win8、Win10、Windows Server
支持64位的Linux系统:Redhat Enterprise Linux、Oracle Linux、SuSE、CentOS、Fedora、Ubuntu、Debian
处理器:64位 Opteron,Itanium,Core2,Core2Duo,i5,i7
CPU速度:高效浮点运算性能
内存:每个核至少4G内存
硬盘:500G以上
排队系统:支持PBS、LSF、GridEngineMedeA计算案例
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