单细胞基因个性化作图之气泡图
前面说过了小提琴图的绘制(单细胞基因可视化之小提琴图)。这里继续说单细胞基因可视化的方法---气泡图,这是最受欢迎的一种展示基因表达的图了,但凡是单细胞的文章都会出现。这里我们提供的方法不仅仅局限于单细胞数据,其他的数据也可以用来做气泡热图。
Seurat包自带做气泡图的函数DotPlot,可以通过ggplot修饰,对图形的外形,颜色等修改,具体操作如下。
marker <- c("ACKR1","RAMP2","LUM","COL3A1","KRT14","KRT5","CD69","CD52")
DotPlot(scedata, features = marker)+coord_flip()+theme_bw()+theme(panel.grid = element_blank(), axis.text.x=element_text(hjust = 1,vjust=0.5))+labs(x=NULL,y=NULL)+guides(size=guide_legend(order=3))+scale_color_gradientn(values = seq(0,1,0.2),colours = c('#330066','#336699','#66CC66','#FFCC33'))
以上是最普通的作图,其他文章中还出现过更加高级的做法,例如这样的:
这样的:
还有这样的:
这里我们提供三种方法绘制单细胞基因表达气泡图,每种图形都可以经过尝试变化,形成新的图形,也可以展示不一样的东西!
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