今天各种探索,终于解决了window系统SimpleITK无法调用ImageJ的问题,放在这里与大家分享,希望对大家有所帮助!

本人所使用的软件有:

  • anaconda3
  • python simpleitk的包
  • imageJ

解决过程如下:

首先下载ImageJ并对ImageJ进行调整,来自以下博文:https://blog.csdn.net/PiaoLiangHXD/article/details/75009671

博文里的相关操作是:

ImageJ Installation

  • Go to download ImageJ.
  • Make sure to download the bundled with 64-bit Java 1.8.0_112 version

ImageJ Setup

  • Go to download nifti.
  • Download nifti_io.jar
  • Go to \path-to-ImageJ\plugins\Input-Output
  • Delete the existing nifti_io.jar file from the folder
  • Copy the downloaded nifti_io.jar file into the folder
  • Restart ImageJ and check if File -> Import -> NIfTI-Analyze is there
  • If it is there, the plugin was successfully installed

默认python解释器的配置

添加到环境变量path D:\Anaconda3(根据anaconda3安装地址自行调整), 使系统默认使用anaconda3自带的python作为默认的python解释器

ImageJ位置调整

将调整好的ImageJ文件夹拖拽到Anaconda3\Scripts所在文件夹,如D:\Anaconda3\Scripts

环境变量path设置

  • 在path中添加  D:\Anaconda3(根据anaconda3安装地址自行调整), 使系统默认使用anaconda3自带的python作为默认的python解释器
  • 在path中添加Anaconda3\Scripts\ImageJ,如D:\Anaconda3\Scripts\ImageJ
  • 我自己的目录如下:

重启jupyter notebook运行就可以了

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