cellranger-atac 操作笔记-1：安装并构建绵羊单细胞ATAC参考基因组

1. 10X 官网下载cellranger-atac软件包，解压，添加路径

wget -O cellranger-atac-2.1.0.tar.gz "https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-atac/cellranger-atac-2.1.0.tar.gz?Expires=1653943816&Policy=eyJTdGF0ZW1lbnQiOlt7IlJlc291cmNlIjoiaHR0cHM6Ly9jZi4xMHhnZW5vbWljcy5jb20vcmVsZWFzZXMvY2VsbC1hdGFjL2NlbGxyYW5nZXItYXRhYy0yLjEuMC50YXIuZ3oiLCJDb25kaXRpb24iOnsiRGF0ZUxlc3NUaGFuIjp7IkFXUzpFcG9jaFRpbWUiOjE2NTM5NDM4MTZ9fX1dfQ__&Signature=LzYEQwaH1e4byV2K68bDO1fLrEtyYSMDnhc0~TCX6YqjCpMOpQntWNNHMS-ufqRGk4uSmYkuyS~VikJK8lljY~34LJJvZIgfKlIfRiUq3Yh1~JYlf-MVi8LWwA~ctWvpPqQ4nV8qCaAfBA5nhdbu7gHjj5VP~~ZAOSE592u1WsYNHbSKk57Bi~Y5ilvaW49wefqLsuLp3MEEdCg3FUef9ZUfpM0CsE0S7wy1Plc3N1md~ZEqaz1N5QJgT1FR9PXwSfIhS0-Xseat6XpzDoQRe6vl7lMDv3~KmWuF0eFM930Obqn1QbwWMIoMnQVawJ1VO~X754OTs4H5UR~AZm~sow__&Key-Pair-Id=APKAI7S6A5RYOXBWRPDA"
# 解压
tar -xzvf cellranger-atac-2.1.0.tar.gz# 添加路径
cd ~
echo "export PATH=$PATH:/path/to/cellranger-atac-2.1.0" >> ~/.bash_profile
source ~/.bash_profile

2. 下载参考基因组和对应的注释文件，可参考之前文章

cellranger 构建绵羊单细胞转录组参考基因组_韩建刚（CAAS-UCD）的博客-CSDN博客

3. （选做）在JASPAR中下载脊椎动物motif信息JASPAR -Download data，保存为jaspar.pfm

4. cellranger-atac 可能无法正确识别一些低版本Linux系统或稀有的Linux发行系统，因此制作参考基因组之前需要设置“忽略服务器版本”，避免报错。

10x Genomics Support -Official 10x Genomics Support

echo "export TENX_IGNORE_DEPRECATED_OS=1" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

5. 生成构建参考基因组的配置文件，包含参考基因组、注释文件、motifs信息等，保存为sheep.config

{organism: "human"        #物种明后才能genome: ["GRCh38"]       #输出文件夹名称input_fasta: ["/path/to/reference/genome.fa"]input_gtf: ["/path/to/reference/genome.gtf"]non_nuclear_contigs: ["chrM"] #选做，移除线粒体部分注释信息input_motifs: "/path/to/jaspar/motifs.pfm" #motif文件路径
}

6. 构建单细胞ATAC参考基因组，及其运行过程信息如下：

cellranger-atac mkref --config=/home/path/to/sheep.config#######################################################
>>> Creating reference for Oas_rambouillet_1 <<<Creating new reference folder at /path/to/Oas_rambouillet_1
...doneWriting genome FASTA file into reference folder...
...doneIndexing genome FASTA file...
...doneWriting genes GTF file into reference folder...
...doneWriting genome metadata JSON file into reference folder...
Computing hash of genome FASTA file...
...doneComputing hash of genes GTF file...
...done...doneGenerating bwa index (may take over an hour for a 3Gb genome)...
[bwa_index] Pack FASTA... 33.26 sec
[bwa_index] Construct BWT for the packed sequence...
[BWTIncCreate] textLength=5739828792, availableWord=415875104
[BWTIncConstructFromPacked] 10 iterations done. 99999992 characters processed.
.......................................................................
[BWTIncConstructFromPacked] 640 iterations done. 5736853160 characters processed.
[bwt_gen] Finished constructing BWT in 642 iterations.
[bwa_index] 8963.59 seconds elapse.
[bwa_index] Update BWT... 684.57 sec
[bwa_index] Pack forward-only FASTA... 0.00 sec
[bwa_index] Construct SA from BWT and Occ... 3736.35 sec
[main] Version: 0.7.17-r1198-dirty
[main] CMD: bwa index /home/hanjiangang/single_cell/ref_genome/Oas_rambouillet_1/fasta/genome.fa
[main] Real time: 31029.938 sec; CPU: 13417.782 sec
doneWriting TSS and transcripts bed file...
...doneWriting motifs...
Motifs file /home/hanjiangang/single_cell/ref_genome/jaspar_motifs.pfm contains a header line with whitespace:
>MA0004_1    ARNT
Any whitespace characters will be replaced by a single underscore (_)
...doneWriting genome metadata JSON file into reference folder...
Computing hash of genome FASTA file...
...doneComputing hash of genes GTF file...
...done...done>>> Reference successfully created at Oas_rambouillet_1 <<<

参考基因组文件夹内容

tree Oas_rambouillet_1/Oas_rambouillet_1/
├── fasta
│   ├── genome.fa
│   ├── genome.fa.amb
│   ├── genome.fa.ann
│   ├── genome.fa.bwt
│   ├── genome.fa.fai
│   ├── genome.fa.pac
│   └── genome.fa.sa
├── genes
│   └── genes.gtf.gz
├── reference.json
└── regions├── motifs.pfm├── transcripts.bed└── tss.bed3 directories, 12 files

cellranger-atac 操作笔记-1：安装并构建绵羊单细胞ATAC参考基因组相关推荐

cellranger 操作笔记-2：构建绵羊单细胞转录组参考基因组
参考10X官方教程:Find the input files -Software -Single Cell Gene Expression -Official 10x Genomics Support ...
【Tools】python环境操作笔记
python环境操作笔记 1.安装Python虚拟环境 2.python pip 添加清华镜像 3.Ubuntu卸载python后出现系统崩溃以及各种问题的解决方法 4.Python下关于 tkint ...
联想y7000笔记如何安装matlab,联想Y7000P笔记本怎样安装win7系统安装win7系统操作分享...
联想Y7000P笔记本体模具设计变化明显,顶盖部分做了重新设计,使其与Y7000有不小的差异,Y7000P接口设计尝试了新的布局,增强了用户体验.Fn+Q强散热模式的引入使其在散热效率上有可靠保障.那 ...
深度学习笔记：01快速构建一个手写数字识别系统以及张量的概念
深度学习笔记:01快速构建一个手写数字识别系统神经网络代码最好运行在GPU中,但是对于初学者来说运行在GPU上成本太高了,所以先运行在CPU中,就是慢一些. 一.安装keras框架使用管理员模式打 ...
SpringBoot入门操作笔记[+mybatismysql]
文章目录 SpringBoot入门操作笔记[+mybatis&mysql] 1. 创建工程 1.1. 新建SpringBoot项目 1.2. 配置Maven 1.3. 编码配置 2. 项目结构 ...
centos运维操作笔记
服务器标准化 1. 关闭 firewall .SElinux systemctl stop firewalld.service systemctl disable firewalld.services ...
Spark+hadoop+mllib及相关概念与操作笔记
Spark+hadoop+mllib及相关概念与操作笔记作者: lw 版本: 0.1 时间: 2016-07-18 1.调研相关注意事项 a) 理解调研调研的意义在于了解当前情况,挖掘潜在的问题, ...
Vue学习笔记：使用CLI构建Vue项目
Vue学习笔记:使用CLI构建Vue项目一.安装Vue CLI 要用到集成在node.js里的npm来安装Vue CLI. 1.下载并安装node.js 2.配置node.js的环境变量 3.启动命 ...
mesos 学习笔记-- mesos安装和配置
2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>> mesos 学习笔记-- mesos安装和配置博客分类: 架构 mesos 参考资料: 官方文档:http://mesos. ...

cellranger-atac 操作笔记-1：安装并构建绵羊单细胞ATAC参考基因组

cellranger-atac 操作笔记-1：安装并构建绵羊单细胞ATAC参考基因组相关推荐

最新文章

热门文章