python画circos图_从零开始学Circos绘制圈图（一）

一般基因组文章都会有下面这种酷炫图，用来描述基因组的基因密度分布，转座子的密度分布，和其他物种或者多倍体的多套染色体间的共线性关系，以及其他各种你只要测序就能加上的信息，比如说你要是测了ATAC-seq，加上全基因组开放状态，要是测了多个组织，多个时期的RNA-seq，那就加上热图展现这种变化关系。

circos绘制基因组

当然除了基因组文章，其他类型的文章也可以考虑这种图。接下来我将会写一些列教程(可能有视频)，通过教别人学Circos的方式来自学Circos。

环境配置

建议在Linux环境下配置Circos，之后只要用conda就能配置好分析环境

# 安装

## circos

conda create -c bioconda -n circos circos

测试软件安装结果

# 测试circos

conda activate circos

# 确认安装

circos -V

# 显示如下

# circos | v 0.69-8 | 15 Jun 2019 | Perl 5.026002

处理过程

Circos依赖于一些列的配置文件，用来定义复杂图形的各个部分，最终加工成图形。

因此，用Circos画图是一个不断增添内容的过程，你要不断根据输出结果来调整输入参数。

并且整个分析中，你还要拥有过关的数据预处理的能力，这是因为Circos不是数据处理工具，它只是展示你已有的数据。

python画circos图_从零开始学Circos绘制圈图（一）相关推荐

python画circos图_从零开始学CIRCOS绘制圈图(四)
从零开始学CIRCOS绘制圈图(一) 从零开始学CIRCOS绘制圈图(二) 从零开始学CIRCOS绘制圈图(三) 通常circos的中间部分不是空白区域,会用一条条线进行连接,表示两个染色体部分区域有 ...
python箱线图_从零开始学Python-matplotlib系列（III）：箱线图
原标题:从零开始学Python-matplotlib系列(III):箱线图前言今天继续我们的python绘图系列,针对离散变量我们可以使用常见的条形图和饼图完成数据的可视化工作,那么,针对数值型变 ...
python画circos图_教你在线绘制circos图
相信大家都听说过circos图,但是亲自画过的人可能就很少,这主要因为软件的安装和使用稍微有一点麻烦.其实,circos图也是可以在线绘制的,这样就简单多了!一起来了解一下吧! 在circos官网(h ...
从零开始用python处理excel视频_从零开始学数据分析，什么程度可以找工作，如何计划学习方案？...
首先要明确数据分析工作的基本流程,然后再考虑每个流程可能需要掌握的技能.我是一位从事数据分析与挖掘5年的数据小兵,简单回答一下数据各流程下的技能. 数据搜集:它往往是数据分析的第一步,即根据分析或挖掘 ...
python画平行坐标图_[宜配屋]听图阁
平行坐标图,一种数据可视化的方式.以多个垂直平行的坐标轴表示多个维度,以维度上的刻度表示在该属性上对应值,相连而得的一个折线表示一个样本,以不同颜色区分类别. 但是很可惜,才疏学浅,没办法在Pytho ...
python画环形图_用Python把图做的好看点：用Matplotlib画个环形图
P老板:小Lo啊,你觉得这几个图好看吗我:好看,好看 P老板:我也觉得,这个月的月报,就用这个把,你给我几个,我看看我:..... 于是乎,我们今天的目标是什么!!! 画个环形图!!! 今天,我们 ...
python画厢式图_用matplotlib画箱体图（boxplot）
画boxplot的接口为 matplotlib.pyplot.boxplot,不过在画之前,我需要好好理解一下箱体图所代表的含义和计算方法. 用一个实际的例子来说明如何画boxplot,这个例子来自w ...
用python画路飞代码_路飞学城Python-Day38(第四模块思维导图)
Servlet学习三--传输文件最先在考虑传输文件时,想通过java写一个文件上传案例,传给Servlet,Servlet再保存至数据库中,但苦于一直没找到实例,听说Flex有实际的例子,就直接用F ...
python画矢量图_使用基于matplotlib的SciencePlots绘制精美图表
开源项目地址:https://github.com/garrettj403/SciencePlots 安装这个包,需要输入魔法: pip install SciencePlots 例如绘制如下函数,导 ...

python画circos图_从零开始学Circos绘制圈图（一）

python画circos图_从零开始学Circos绘制圈图（一）相关推荐

最新文章

热门文章