QIIME 2 2020.11发布啦

下一个更新将是2021.2

更新亮点

一般通告

1、在q2-cutadapt插件中发现了一个数据完整性错误，并在这个版本的qiime2中得到了修复。有关更多详细信息，请查看“q2-cutapt的trim paired，在处理混合方向时”。
2、开发人员“staging”环境现在托管在https://packages.qiime2.org！staging环境在开发过程中使用，以前托管在anaconda.org/qiime2-staging。在这次发布的qiime2中，我们遇到了一些打包问题，所以我们提高了一些与迁移到qiime2库相关的工作的优先级-这是坚实的一步！请注意，我们跳过了Qime 2的2020.11.0版本，直接转到了2020.11.1，因此，当您安装此版本时，请记住您没有“错过”某个版本，我们只是从未发布过2020.11.0版本。
3、进行了一些修改，以支持pandas从0.25版本迁移到1.0版本（pandas1今年早些时候发布）。
4、把R升级到了第4版
5、Docker镜像像现在托管在quay.io，这是因为DockerHub最近的计费结构发生了变化。我们认为quay.io将是一个伟大的新家为qiime2 Docker镜像！

QIIME 2 Framework

1、修复了开发人员面临的与Pipeline错误检查相关的bug。
2、继续致力于即将发布的Usage API，现在有了面向开发人员的API文档、类型提示以及一些常规整理。我们将在2021年公布更多关于使用API的信息！

User Docs

1、教程帕金森的小鼠中一些语法和拼写错误被清理了！
2、修正了Artifact API中的一些重要的错误：
3、添加了一个新的安装指南来安装Windows子系统Linux，这是一个非常适合Windows用户的安装选项！
4、在教程中更新了一些“样本均一化值选择”指南，因为新版本的DADA2中有些reads计数有点混乱。

Dev Docs

为即将发布的使用API公告（2021年的某个时间）添加了新的API文档部分。

q2-alignment

添加了对--addfragments标志的支持，该标志优化了短序列片段（例如，primer或amplicon序列）的添加。

q2-cutadapt

1、识别并修复了使用demux-paired方法demultiplex由于混合方向reads时的数据完整性错误。更多细节见“Discarded results produced by q2-cutadapt’s trim-paired when working with mixed-orientation reads”
2、在3.0版本的cutadapt 中，进行了一些更改以支持新行为，其中“demultiplex现在总是生成所有可能的输出文件。”

q2-dada2

将DADA2从版本1.10.0更新到版本1.18.0。发行说明尚未发布，请继续关注https://benjjneb.github.io/dada2/了解更多细节！

q2-demux

1、修正了demux可视化的交互质量图选项卡中的一个错误，该错误导致一条消息“n out of[object object]sequences”，其中[object object]应该是总序列数。
2、摔跤一个存储bug，现在，每个序列的统计信息都是通过写入磁盘来跟踪的，而不是存储在内存中，这会的一定程度上提高性能。
3、在emp_single和emp_paired方法中添加了一个新参数：ignore_description_mismatch。此参数允许忽略序列记录描述字段中的不匹配，当排序运行生成不匹配的描述字段时，可能会发生这种情况。

q2-diversity

1、更新了alpha方法的文档以链接到scikit-bio文档，因为scikit-bio负责该方法中的大部分重担。
2、修复了一个小的打包错误，当在这个插件上运行qiime info时，它可能会产生一个令人困惑的版本标识符。

q2-diversity-lib

增加了一种新的方法叫做beta_phylogenetic_meta_passthrough，它揭示了新的unifrac.meta方法（见meta UniFrac ）。我们希望在接下来的版本中对此进行扩展。

q2-emperor

为绘图可视化工具添加了一些保护，以防止用户意外地试图绘制应该用biplot可视化工具呈现的数据！

q2-feature-table

创建了一个新的操作，根据相对丰度至少为x的特征的流行率过滤特征（例如，至少10%的样本中为0.1%）。

q2-longitudinal

通过在图形中添加填充来改进线性混合的可视化效果。

q2-phylogeny

为IQ-tree2相关功能添加了弃用通知。别担心，iqtree2还在。我们只是在将与iqtree相关的操作迁移到功能更全面的q2-iqtree2插件中。

q2-quality-control

通过指定samtools的最低版本，使CI管道朝着正确的方向发展。

q2-taxa

修正了在这个插件上运行qiime info时，可能会产生一个令人困惑的版本标识符的小打包错误

q2-diversity、q2-feature-table、q2-sample-classifier、q2-types、q2templates

更新了这个插件的各个方面以支持pandas 1.0！

q2view

修正了一个主页上的拼写错误