前言

最近给实验室的Ubuntu服务器进行软件方面的配置，需要实现的功能如下：

实现多用户SSH登陆；
实现外网直接访问服务器（内网穿透）；
服务器多用户创建、切换、权限授予；
Ubuntu之间、Ubuntu与Windows文件传输；
多用户间文件共享问题；
多用户分别在各自目录环境下进行LAMMPS计算。

基于以上的配置，可以让大家的模拟计算更加的方便~

先前准备

实现多用户SSH登陆；实现外网直接访问服务器（内网穿透）；服务器多用户创建;

参考之前的记录：计算机网络-Ubuntu服务器实现多用户SSH登陆及Sakura Frp内网穿透

多用户切换可参考

参考之前的记录：Ubuntu-多用户间切换

新增用户的root权限授予

参考之前的记录：Ubuntu-给新增用户添加root权限

文件传输

参考之前的记录：Ubuntu-远程文件传输

为了操作方便，还需要将新增用户的sh界面修改为bash界面！

默认为sh界面，用户界面只显示$符号，无路径信息，且无法代码补全，不太方便操作！所以需要修改为bash shell~

方式一：

demo为新增的用户示例

chsh -s /bin/bash demo

方式二：

修改配置文件，之后useradd出来的用户就都是bash界面了

sudo vim /etc/default/useradd

将$SHELL修改为：

$SHELL = /bin/bash

文件共享

参考：解决Linux多个本地用户之间文件共享的问题，文件夹访问Permission Denied

基本环境：

已经创建了一个管理学生的group:

STUDENTS（已经添加了以下三个用户）

创建好了三个学生用户：

YuanbaoQiang2019（本人）

FengnanDuan2020（我师弟）

ChangshengHe2020（我师弟）

创建一个共享文件夹及分组

mkdir /home/dev_share
chgrp STUDENTS /home/dev_share

权限设置

chmod 777 /home/dev_share
chmod +s /home/dev_share

至于权限方面，由于在先前的操作中给新增用户添加了root权限，所以所有的操作都可以在新增用户的远程连接界面中完成！

LAMMPS的相关配置

LAMMPS基本配置可以参考之前的记录：

Ubuntu安装并行Lammps

Ubuntu下的lammps GPU加速（真的香）

解释说明

对于一条Lammps并行计算执行命令：mpirun -np 6 lmp_mpi < in.shear

计算机需要根据这行命令去找到mpirun、lmp_mpi、in.shear这三个文件，而我们需要做的就是可以让计算机可以直接找到这些文件！in.shear基本就是在当前的运算目录下，而mpirun、lmp_mpi不在当前目录，计算机该怎么找到他们呢？这就涉及到计算机环境变量的配置！计算机可以直接从这些提前设置好的路径里面找到这些可执行程序！

本文中的LAMMPS配置和先前的差别不大，主要在于之前的环境变量有些是设置在用户变量中的，例如修改~/.bashrc文件，这个文件的修改只会影响当前用户的配置，其他的用户是访问不到这个文件的，自然也用不了这里面的配置！所以需要将环境变量信息配置在/ect/profile文件中，然后再source生效！

还有一点就是要保证以上的mpirun lmp_mpi、以及cuda配置可以让新增用户访问到！之前的记录中lmp_mpi在/home/初始用户下，新增的用户是无法访问到这个地址的，或者说需要root权限，所以需要配置一个大家都可以访问到的地址~

由于配置了一个共享目录，所以我就将涉及到的文件包都放在了/home/dev_share文件夹中

root@csuus-Precision-Tower-7810:/home# cd dev_share/
root@csuus-Precision-Tower-7810:/home/dev_share# ls
fftw-3.3.8  fftw-3.3.8.tar.gz  lammps-3Mar20  lammps-stable.tar.gz  mpich-3.3.2  mpich-3.3.2.tar.gz
root@csuus-Precision-Tower-7810:/home/dev_share#

配置

配置fftw、配置mpich、配置cuda、配置lammps基本没啥变化，参考之前的博客记录即可。

环境变量设置

删除之前在~/.bashrc中的关于lammps的环境变量（如果有）

在etc/profile中添加相关的环境变量:

# lammps相关
export PATH=/usr/local/bin:/usr/local/lib:/usr/local/include:/home/dev_share/lammps-3Mar20/src:$PATH
export PATH=$PATH:/usr/local/cuda-10.2/bin

环境变量检测：

YuanbaoQiang2019@csuus-Precision-Tower-7810:~$ whereis mpirun
mpirun: /usr/local/bin/mpirun
YuanbaoQiang2019@csuus-Precision-Tower-7810:~$ whereis lmp_mpi
lmp_mpi: /home/dev_share/lammps-3Mar20/src/lmp_mpi
YuanbaoQiang2019@csuus-Precision-Tower-7810:~$ nvcc -V
nvcc: NVIDIA (R) Cuda compiler driver
Copyright (c) 2005-2019 NVIDIA Corporation
Built on Wed_Oct_23_19:24:38_PDT_2019
Cuda compilation tools, release 10.2, V10.2.89

程序测试：

YuanbaoQiang2019@csuus-Precision-Tower-7810:~/test/test$ mpirun -np 56 lmp_mpi -sf gpu -pk gpu 1 -in in.frictionLAMMPS (3 Mar 2020)
Reading restart file ...restart file = 3 Mar 2020, LAMMPS = 3 Mar 2020restoring atom style full from restartorthogonal box = (0 0 -0.01715) to (64 64 158.442)2 by 4 by 7 MPI processor gridrestoring pair style lj/cut/gpu from restartrestoring bond style harmonic from restartrestoring angle style harmonic from restartrestoring dihedral style nharmonic from restart28800 atoms28512 bonds28224 angles27936 dihedrals
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...special bond factors lj:   0          0          0special bond factors coul: 0          0          02 = max # of 1-2 neighbors2 = max # of 1-3 neighbors4 = max # of 1-4 neighbors6 = max # of special neighborsspecial bonds CPU = 0.00321174 secsread_restart CPU = 0.0257034 secs
7200 atoms in group B_E
14400 atoms in group C_D
1 rigid bodies with 3600 atoms--------------------------------------------------------------------------
- Using acceleration for lj/cut:
-  with 56 proc(s) per device.
--------------------------------------------------------------------------
Device 0: GeForce RTX 2060, 30 CUs, 1.3/5.8 GB, 1.7 GHZ (Mixed Precision)
--------------------------------------------------------------------------Initializing Device and compiling on process 0...Done.
Initializing Device 0 on core 0...Done.
Initializing Device 0 on core 1...Done.
Initializing Device 0 on core 2...Done.
Initializing Device 0 on core 3...Done.
Initializing Device 0 on core 4...Done.
Initializing Device 0 on core 5...Done.
Initializing Device 0 on core 6...Done.
Initializing Device 0 on core 7...Done.
Initializing Device 0 on core 8...Done.
Initializing Device 0 on core 9...Done.
Initializing Device 0 on core 10...Done.
Initializing Device 0 on core 11...Done.
Initializing Device 0 on core 12...Done.
Initializing Device 0 on core 13...Done.
Initializing Device 0 on core 14...Done.
Initializing Device 0 on core 15...Done.
Initializing Device 0 on core 16...Done.
Initializing Device 0 on core 17...Done.
Initializing Device 0 on core 18...Done.
Initializing Device 0 on core 19...Done.
Initializing Device 0 on core 20...Done.
Initializing Device 0 on core 21...Done.
Initializing Device 0 on core 22...Done.
Initializing Device 0 on core 23...Done.
Initializing Device 0 on core 24...Done.
Initializing Device 0 on core 25...Done.
Initializing Device 0 on core 26...Done.
Initializing Device 0 on core 27...Done.
Initializing Device 0 on core 28...Done.
Initializing Device 0 on core 29...Done.
Initializing Device 0 on core 30...Done.
Initializing Device 0 on core 31...Done.
Initializing Device 0 on core 32...Done.
Initializing Device 0 on core 33...Done.
Initializing Device 0 on core 34...Done.
Initializing Device 0 on core 35...Done.
Initializing Device 0 on core 36...Done.
Initializing Device 0 on core 37...Done.
Initializing Device 0 on core 38...Done.
Initializing Device 0 on core 39...Done.
Initializing Device 0 on core 40...Done.
Initializing Device 0 on core 41...Done.
Initializing Device 0 on core 42...Done.
Initializing Device 0 on core 43...Done.
Initializing Device 0 on core 44...Done.
Initializing Device 0 on core 45...Done.
Initializing Device 0 on core 46...Done.
Initializing Device 0 on core 47...Done.
Initializing Device 0 on core 48...Done.
Initializing Device 0 on core 49...Done.
Initializing Device 0 on core 50...Done.
Initializing Device 0 on core 51...Done.
Initializing Device 0 on core 52...Done.
Initializing Device 0 on core 53...Done.
Initializing Device 0 on core 54...Done.
Initializing Device 0 on core 55...Done.Setting up Verlet run ...Unit style    : realCurrent step  : 2150000Time step     : 1
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 10.82 | 10.87 | 10.88 Mbytes
Step c_T_C c_T_DD TotEng E_angle E_dihed E_bond E_vdwl2150000    297.14758    301.82931    11870.363     9086.731    14952.596    8872.2229   -40357.0352151000    300.75491    297.70205    10084.327    9066.9995    15033.499    8859.2493    -40213.192152000    307.11139    299.50239    10146.039    8974.7912    15111.344    8851.8022   -40213.5282153000    306.11461    302.49782    10569.193    9078.7774    15097.678    8973.5614   -40028.499......

测试到现在基本是没什么大毛病的，有问题欢迎留言~

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