跟着 Cell 学作图 | 3.箱线图+散点+差异显著性检验

“实践是检验真理的唯一标准。”

“复现是学习R语言的最好办法。”

DOI: 10.1016/j.cell.2020.05.032

这篇2020年发表在cell上关于新冠的组学文章里面有大量的生信内容。今天带大家复现其中的一个Supplemental Figure：带散点的箱线图。

本文代码及示例数据领取：后台回复“20210416”

比较常用的展示差异的可视化方法。

数据格式

注：以上数据纯属虚构，无实际意义！

思路

• 箱线图+显著性检验+散点

均值比较的常见方法：

绘制

#------
title: "boxplot"
author: "MZBJ"
date: "2020/4/16"
#-----# 导入所需的包
library(ggplot2)
library(ggsignif)
library(ggpubr)
library(RColorBrewer)
setwd("F:/HJH/mzbj/cell")
# 导入数据
plot_data <- read.csv(file = "ABCD.csv")
#-----------------------
p<- ggplot(data=plot_data)+ geom_boxplot(mapping=aes(x=group,y=Retive_Abundance,colour = group ), #箱线图alpha = 0.5,size=1.5,width = 0.6)+ geom_jitter(mapping=aes(x=group,y=Retive_Abundance,colour = group), #散点alpha = 0.3,size=3)+scale_color_manual(limits=c("A","B","C","D"), values=c("#85B22E","#5F80B4","#E29827","#922927"))+ #颜色geom_signif(mapping=aes(x=group,y=Retive_Abundance), # 不同组别的显著性comparisons = list(c("A", "B"), # 哪些组进行比较c("A", "C"),c("A", "D"),c("B", "C"),c("B", "D"),c("C", "D")),map_signif_level=T, # T显示显著性，F显示p valuetip_length=c(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0), # 修改显著性线两端的长短y_position = c(40,41,42,39,38,40), # 设置显著性线的位置高度size=1, # 修改线的粗细textsize = 4, # 修改显著性标记的大小test = "t.test")+ # 检验的类型theme_classic(  # 主题设置，这个是无线条主题base_line_size = 1 # 坐标轴的粗细)+labs(title="White blood cell(WBC)",x="",y="Retive_Abundance")+ # 添加标题，x轴，y轴内容theme(plot.title = element_text(size = 15,colour = "black",hjust = 0.5),axis.title.y = element_text(size = 15, # family = "myFont", color = "black",face = "bold", vjust = 1.9, hjust = 0.5, angle = 90),legend.title = element_text(color="black", # 修改图例的标题size=15, face="bold"),legend.text = element_text(color="black", # 设置图例标签文字size = 10, face = "bold"),axis.text.x = element_text(size = 13,  # 修改X轴上字体大小，color = "black", # 颜色face = "bold", #  face取值：plain普通，bold加粗，italic斜体，bold.italic斜体加粗vjust = 0.5, # 位置hjust = 0.5, angle = 0), #角度axis.text.y = element_text(size = 13,  color = "black",face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5, angle = 0) )
p

大功告成！

备注：有个瑕疵就是y轴过长。但是我设定y轴范围后，差异标记也被截掉了。目前能想到的解决办法就是AI简单向下拉一下Y轴。

往期内容：

跟着CELL学作图|1.火山图

跟着Cell学作图 | 2.柱状图+误差棒+散点+差异显著性检验