Amberantechamber | 创建小分子力场参数文件
antechamber
创建小分子力场参数文件
A program for parametrizing ligands and other small molecules.
antechamber is the main program to develop force fields for small organic molecules (e.g., drugs, modified amino acids) using a version of the general Amber force field (GAFF). These can be used directly in LEaP, or can serve as a starting point for further parameter development.
这是包中最重要的程序。它可以执行许多文件转换,也可以分配原子电荷和原子类型。根据输入的要求,前厅执行以下程序:sqm(或者,mopac或divcon),atomtype,am1bcc,bondtype,espgen,respgen和prepgen。它通常会生成许多中间文件;这些可以通过他们的名字来识别,其中所有字母都是大写字母。如果您在运行前厅时遇到问题,可能需要运行下面描述的各个程序(以使用选项’-s 2’促进此运行)。
-help print these instructions
-i input file name
-fi input file
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