vcf文件(gatk输出)解读-depth
gatk产生的vcf文件中有两个DP(depth)条目,其中INFO栏的DP表示没有经过filter的涵盖该位点的reads数目,而FORMAT栏中的DP是经过filter的。
原则上FORMAT栏的AD(allele depth)的加和等于DP。但由于有些reads该位点难以判断碱基类型,被标记为uninformative位点,因此未被计入AD计数中,导致AD之和小于DP。
具体原理参考gatk官方团队解答:
Allele Depth (AD) is lower than expected
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