做了几年的蛋白质结构，结构解析只懂一点皮毛，现在基本改行了。前年为了发文章，自学了pymol，也能做一些图。结构解析自学比较困难，网上资料很少，尤其是中文的软件应用技巧，本文是学习过程中的一些笔记，主要是pymol的，有些部分是从网上搜的网友心得，发到百度文库，供大家参考，希望高手指正，同时表达对热心网友的感谢。

Pymol的笔记3

软件安装与初始设置3

Pml格式的右键菜单3

软件使用难题与Bug3

单字母标记氨基酸残基Windows用户3

基本知识4

景深4

全屏4

通用命令5

例一5

结构显示细调5

选择6

选择原子6

选择侧链6

选择骨架上的原子6

选择钙离子6

选择范围内原子6

从选择的原子扩展到残基6

color7

彩虹色(反彩虹色用：rainbow_rev)7

颜色举例7

label7

label字体7

设定label距离7

label举例7

label氨基酸残基7

氢键8

氢键概念8

目前使用的氢键做法：8

各种方法氢键数量比较8

氢键做法汇总8

结构叠加比对9

Align命令用法9

Wiki中的"align"命令9

静电势APBS(目前没有大问题)10

各种静电势方法总结10

安装10

精简的步骤10

分链作图11

动画11

Pymol出动画图方法11

手工抽图方法11

每帧都被光线追踪11

友立GIF动画使用11

Pymol教程与实例12

合用的教程分类12

使用Pymol进行蛋白质分子结构的比较12

label驴子笔记12

显示氢键(活性中心)14

用来寻找配体口袋的残基的一个pymol命令15

其他结构描述方法15

Contact table15

基本知识15

用CCP4 NCONT16

用CCP4 CONTACT/ACT16

Interface16

用PISA做结合分析16

计算BSA的软件讨论16

Ligplot17

静电势DelPhi(有问题)17

DelPhi v.5.1使用方法17

Pymol打开DelPhi电势文件18

Grasp2打开DelPhi电势文件18

修结构方法搜集19

修结构刚开始据说是要先修主链19

修结构的时候发现 侧链越大的氨基酸残基越容易在密度中找到正确的位置.19

修结构重在整体形象。19

修结构新番总结20

过度修正20

认清身边有毒的朋友21

高考阅卷得到的收获23

附录23

基本知识23

RMSD(Root Mean Squared Deviation)23

氨基酸分组方法和代表性颜色23

Pymol pml文件实例24

C10 IQ sort24

图像处理26

批量裁剪26

4个大小相同的图片排成一个26

未整理26

某人总结的结构解析方法：26

结构修正时遇到的问题和用到的小tips：27

分子置换的步骤28

COOT中添加小分子的方法28

如何画出氢键28

Pymol的笔记

软件安装与初始设置

安装python先，在windows7里msi右键中没有“以管理员权限运行”的选项，写一个批处理(.bat文件)来运行msi进行安装，bat文件有这个选项。

.bat文件内容如下：(D:\Temp\，是msi文件的目录，pyt.msi是msi文件名，pyt是为了方便， pymol安装用的msi文件名的简写)

msiexec /i D:\Temp\pyt.msi

新版的pymol安装在python27目录下，pymolrc文件需要拷贝到"C:\Users\YOU"，启动文件为PyMOL目录下的pymol.exe。

如果不能加载pymolrc，可以运行PyMOL目录下的pymol.cmd，再不行就试运行一次C:\Python27\Scripts\pymol.cmd。

Pml格式的右键菜单

后缀名为pml的文件，打开方式可以用普通方法设定。

windows7下右键菜单添加“编辑”，并将“编辑”关联为记事本的方法如下：

在注册表编辑器里，HKEY_CLASSES_ROOT>pml_auto_file-shell下建立新项：edit，再建立新项：command，值为：

"C:\Windows\System32\NOTEPAD.EXE" "%1"

软件使用难题与Bug

2013年12月31日在联想E49，Win7下安装1.61beta版，bg_color white设定背景色后，label就不显示了。

单字母标记氨基酸残基Windows用户

windows下不能建立.pymolrc文件，认可的文件名是：'pymolrc', 'pymolrc.py' or 'pymolrc.pym'

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