matlab dcm文件,CT的原始图像.dcm文件的读取

在做CT图像的深度学习研究时，需要用到大量的CT数据，我从TCIA上下载的CT图像是.dcm文件的，每个.dcm文件代表一个slice，如图所示，下载的是Head-neck数据，

用matlab读取时，使用到dicomread()函数，如下

filepath = '000000.dcm'

info = dicominfo(fullfile(filepath));

image = dicomread(info);

这里只读取了一个slice，我们该如何批量读取.dcm文件呢？又如何把每层的图像数据进行排序？以下是参考代码：

主要有几点需要注意：

读取info中的层数信息，用于排序

把多余的空白数据删除

clear,clc

%% reading files path

folder = './4/'; %%% 所有slice的文件夹

ext = {'*.dcm'};

filepaths = [];

for i = 1 : length(ext)

filepaths = cat(1,filepaths,dir(fullfile(folder, ext{i}))); %%% 读取所有.dcm的文件

end

a = length(filepaths);

data = zeros(512,512,a); %%% 图片大小

Num = zeros(1,a);

for i = 1:a

info = dicominfo(fullfile(folder,filepaths(i).name)); %%% 读取CT图像的扫描信息

No = info.SliceLocation; %%% 读取该层的序号

Num(i) = floor(No);

end

value = min(Num(:));

%% extrating number of slices

for i = 1:a

info = dicominfo(fullfile(folder,filepaths(i).name));

No = info.SliceLocation;

Num0 = floor(No)+ abs(value)+1; %%% 对slicelocation进行从小到大的排序

image = dicomread(info);

data(:,:,Num0) = image; % saving data, including blanks

end

%% delete the blank

n_dim = size(data,3);

t = 1;

for j = 1: n_dim

img = data(:,:,j);

if mean(img)==0

rem(t) = j;

t = t + 1;

else

end

data(:,:,rem) = []; %% 删掉空白的层

n = size(data,3);

temp = data;

%% show and save the result

for i = 1:n

data(:,:,n-i+1) = temp(:,:,i);

end

for i = 1:n

imshow(data(:,:,i),[])

end

save pat4.mat data %%% 保存数据

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