互作网络可视化-Cytoscape简单教程
目录
零、数据准备
1、二维关系表一维化
2、关注基因制表
3、属性文件
一、数据导入
二、图的筛选
三、图的布局
四、设置图中节点与边的样式-以及根据值大小调整
根据值相关性调整
五、图放大缩小-旋转
前言
Cytoscape是个很棒的画互作关系图的软件，网上有很多教程，但并不是很完美，遂按照自己的学习笔记写一篇教程，这里用的软件版本为3.8.2
零、数据准备
1、二维关系表一维化
这是原表，展现菌群与样本之间的相关性的二维表
可用power query进行逆透视化，office2019已经集成在程序内
2、关注基因制表
有时互作关系表极为庞大，我这里只关注top30的基因
在excel上处理一下，进行排序，直接选取这前30菌名即可，做成txt文件
3、属性文件
比如平均丰度
这里展现了节点以及其对应的平均丰度属性
一、数据导入
打开Cytoscape，导入互作关系表
选择一维化的表，并对每列值做标注
如图，将第一列设置为源节点，将第二列设置为靶节点，第三列设置为边的属性
边的属性，这里注意设置data type，值的属性设置为浮点数1.0，节点则设置为ab名称型
设置完成后，点击ok进行导入
由于互作表极大，且我们不需要完整的互作关系网络图，因此在提示表格很大，显示需要很长时间，选择取消，不影响后续筛选操作
然后，导入之前制作的top30菌名的txt表，筛选出我们要看的图
这里我已经将上图的table3，Sputum composition 前30位复制到这个txt表中，点击确定，即选中了我们要的基因
然后将其单独拎出
得到最粗糙的原始网格图（下图是我其它一次任务的图，内容不一样，但长的差不多，很丑，反正后续还要再调）
导入之前做好的属性注释文件，点击这个按钮
这样我们就将了对应名字的丰度属性导入了
二、图的筛选
通过这种筛选，可以取出我们想要的属性的图
node是节点，edge是边
比如筛选相关性大于0.3的线，点击左侧filter筛选，创建一个筛选条件
选择条件为edge:值，这个是导入的表中的相关系数，选择is not，不是-0.3-0.3范围的线，如果这里没有这个选择范围，那就是之前边属性的data type选错了，数值选1.0浮点数形式
依然按之前的方法，导出为新表
可以看到很多自相关的项，查看表，即可得知这些都是自己和自己相关系数为1的，这是之前数据处理不严谨，再次把1给筛掉即可（写这个笔记的时候还是新手，不过给新手看倒是很不错了~）
导出后，按刷新按钮重置一下排列，接下来就是美化工作了
三、图的布局
软件提供了几种布局形式，例如
将图布局成圆形，并且按照节点名字进行分类
可以通过筛选来查看分类情况
注意，按照名字分类需要预先对名字起个头，比如st:xxxxxx，sp:xxxxxx
这样，st和sp将被分别放在两个半圆中
通过筛选的方法，选中需要的点，拖动排布即可
四、设置图中节点与边的样式-以及根据值大小调整
先看翻译图
这里做一次实例操作以学习
选择左侧的style选项卡，点击上方下拉框，选择directed风格
点击下方node选项卡
设置节点的字大小为5，根据自己需要调整
设置节点的圈大小为6（暂时这么设，待会儿修改成丰度越大圈越大）
点击edge选项卡，切换到边的设置
设置链接线粗细为0.8（暂时这么设，待会儿设置为相关性越大线越粗）
根据值相关性调整
点击选项卡的右边小箭头，可以单独对某些设置属性，或者如下根据值设置一个连续的变化
如图，按照丰度调整圈的大小
如果需要单独对选定的做调整，则可用第三个框里面调，如下（这个选项是调整标签在点的位置）
若要添加像如上的图例，则可在画布右键一个个添加点，暂未发现批量添加的方法，知道的同学/老师请在下方留言，非常感谢
然后修改
这个名字，以导入对应属性文件
五、图放大缩小-旋转
启用功能，呼出面板
这个可以控制缩放，在达到一定数值后可以点击右边的转圈按钮，将当前缩放设置为基准1的大小，就可以再次进行缩放调整
这个控制图的旋转
这两个选项是调整高度，宽度，比如将高度取消勾选，调整宽度，则可使点密度降低，稀疏一点
中间那些，则是各种排列方式，排成纵向或者横向，可用自行摸索
网上有很多精美的图和教程，我这边做一个简单的分享
最后完成图展示~还可以进行更多设置，变得更漂亮
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