生信技能树 WES分析教程学习(1)conda安装软件，配置环境

1.首先添加conda的镜像

本文后续的分析主要参考的是这篇文章，主要是想用E.coil的数据进行后续的分析
https://zhuanlan.zhihu.com/p/33891718
但是再下载SRA数据的时候一直没下载下来
因为后续下载到了GATK上bundel上的100G的数据，所以直接俄按照jimmy后续的分析操作进行了。

conda的软件源有很多，其中专门收录了生物信息学软件的软件源，亦即bioconda。所以bioconda仅仅是conda的软件源之一，与bioconductor之于CRAN，bioperl之于CPAN是类似的。所以掌握bioconda，事实上也就是掌握conda，反之亦然。

常用的镜像有，清华大学的镜像，中科大的镜像和兰州大学的镜像等。
安装Anaconda或者miniconda，如若没有root权限，建议安装后者，后者包轻便，前者包含自带的一个python，安装过程如下:

#下载包
wget "https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-5.0.1-Linux-x86_64.sh"
#安装程序
bash  Anaconda3-5.0.1-Linux-x86_64.sh
#添加环境变量
vim /etc/bashrc
export PATH=/tools/anaconda3/bin:$PATH  ##是你安装Anaconda的路径

配置bioconda
如果root身份运行则添加到全局，如果是用户身份运行则会修改用户主目录下的.condarc文件，与bashrc, bashprofile等类似

conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda

以上，无论是conda默认的软件源还是bioconda软件源都是国外的，速度非常慢，
所以需要增加国内软件源，同时bioconda已经有清华，中科大两个国内镜像，也添加进去。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
#bioconda
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --set show_channel_urls yes
#在广州应该使用中科大的bioconda源（清华的源可能远水救不了近火...）
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
#查看目前conda软件源情况
conda info

gatk数据下载

先在目录下新建文件夹 input output 和bin

然后在input数据里下载E.coli K12的参考基因组序列，进行数据测试
可以在NCBI的FTP上进行下载

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/005/845/GCF_000005845.2_ASM584v2/GCF_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna.gz  wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/005/845/GCF_000005845.2_ASM584v2/GCF_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna.gz

得到的时Ecoil K12的全基因组序列
如下图所示

然后解压缩，并命名为 E.coli_K12_MG1655.fa
gzip -dc GCF_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna.gz > E.coli_K12_MG1655.fa
head E.coli_K12_MG1655.fa

作者接着使用samtools进行构建参考基因组的索引
因此在Biosoft文件夹下载samtools

mkdir ~/Biosoft/samtools
cd /root/Biosoft/samtools

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