使用ggplot2画 点图、箱线图、小提琴图、蜂窝图、云雨图
使用ggplot2画 点图、箱线图、小提琴图、蜂窝图、云雨图
加载包
library(tidyverse)
library(cowplot)
library(ggrepel)
library(ggsci)
library(ggsignif) # 计算相关性
library(ggbeeswarm) #蜂窝
library(gghalves) #云雨
准备数据集
data(iris) #常用数据集，研究花萼的长度不同物种有何差异
点图
ggplot(data = iris,aes(x = Species,y = Sepal.Length))+geom_point(position = 'jitter',aes(color = Species))+theme_cowplot()
errbar
iris_sum <- group_by(iris,Species) %>%summarise(Sepal.Length.mean = mean(Sepal.Length),Sepal.Length.sd = sd(Sepal.Length))ggplot(data = iris_sum , aes(x = Species,y = Sepal.Length.mean))+ geom_point(aes(color = Species))+geom_errorbar(aes(ymin = Sepal.Length.mean - Sepal.Length.sd,ymax = Sepal.Length.mean + Sepal.Length.sd,color = Species),width = 0.15)+theme_cowplot()
箱线图
ggplot(data = iris , aes(x = Species,y = Sepal.Length))+geom_boxplot(aes(fill = Species))+geom_point(aes(color = Species),position = 'jitter')+ #jitter 是点的一个摆动geom_signif(comparisons = list(c("setosa","versicolor"),c("versicolor","virginica")),y_position = c(7.2,8.2),map_signif_level = T)+scale_fill_lancet()+theme_cowplot()
小提琴图
ggplot(data = iris , aes(x = Species,y = Sepal.Length))+geom_violin(aes(fill = Species))+geom_boxplot(width =0.1)+geom_point(aes(color = Species),position = position_jitter(width = 0.1),size = 0.8)+geom_signif(comparisons = list(c("setosa","versicolor"),c("versicolor","virginica")),y_position = c(7.2,8.2),map_signif_level = T)+scale_fill_lancet()+theme_cowplot()
蜂窝图
ggplot(data = iris , aes(x = Species,y = Sepal.Length))+geom_quasirandom(aes(color = Species))+geom_signif(comparisons = list(c("setosa","versicolor"),c("versicolor","virginica")),y_position = c(7.2,8.2),map_signif_level = T)+scale_fill_lancet()+theme_cowplot()
云雨图
ggplot(data = iris , aes(x = Species,y = Sepal.Length))+geom_half_violin(aes(fill = Species),side = 'r', #云的方向adjust = 1/2, #平滑程度position = position_nudge(x=0.25,y=0))+geom_boxplot(width =0.1,position = position_nudge(x=0.25,y=0))+geom_point(position = position_jitter(width = 0.15),size = 0.8)+geom_signif(comparisons = list(c("setosa","versicolor"),c("versicolor","virginica")),y_position = c(7.2,8.2),map_signif_level = T)+scale_fill_brewer(palette = 'Dark2')+theme_cowplot() +coord_flip() #逆时针旋转
两组数据分布小提琴两侧
ggplot(data = iris , aes(x = Species,y = Sepal.Length))+geom_half_violin(fill = 'red',side = 'r', #云的方向adjust = 1/2, #平滑程度)+geom_half_violin(aes(y = Petal.Length),fill ='blue',side = 'l',adjust = 1/2)+scale_fill_brewer(palette = 'Dark2')+theme_cowplot()+ coord_flip()
因为数据不好所以看起来有点怪异，请君见谅。
比较同一物种花萼和花瓣的长度
iris_tidy <- select(iris,Sepal = Sepal.Length,Petal = Petal.Length,Species)%>% gather(key = Tissue ,value = Length ,Sepal,Petal)head(iris_tidy)ggplot(data = iris_tidy, aes(x =Tissue,y=Length))+geom_boxplot(aes(fill = Tissue))+facet_grid(~Species)+ #写波浪线后代表以x轴分面，写在前以y轴来分。theme_cowplot()
小结
星期五了，过的好快，明天是中秋节与教师节，提前祝大家中秋快乐，祝坚守在一线的老师们教师节快乐，劳动最光荣，学习最美丽，望君多点赞，有啥问题直接留言，我很乐意解决大家的问题，和志同道合的人一起冲，很快乐。哈哈哈哈哈哈哈哈哈。
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