Salmon之Fragment Library Types

library类型

SAM file flags：https://biobeat.wordpress.com/2013/04/29/directional-rna-seq-part-1-extract-strand-information-from-sam-file/

library类型可以分解为三个部分：reads的相对方向，library的链型和reads的方向性。如下图所示：

reads的相对方向

I = inward
O = outward
M = matching

library的链型

S = stranded
U = unstranded

reads的方向性

注意：此项的应用前提是：建库时采用的是strand-specific步骤。

F = read 1 (or single-end read) comes from the forward strand
R = read 1 (or single-end read) comes from the reverse strand

实例

IU
### an unstranded paired-end library where the reads face each otherSF
### a stranded single-end protocol where the reads come from the forward strandOSR
### a stranded paired-end protocol where the reads face away from each other,
### read1 comes from reverse strand and read2 comes from the forward strand

与TopHat library类型的对应关系

TopHat	Salmon (and Sailfish)
	Paired-end	Single-end
-fr-unstranded	`-l IU`	`-l U`
-fr-firststrand	`-l ISR`	`-l SR`
-fr-secondstrand	`-l ISF`	`-l SF`

Salmon之Fragment Library Types相关推荐

C++ Primer 总结之Chap3 Library Types
本系列为本人温习C++基础时所记的tips,欢迎各位同学指正,共同进步TvT. 不可在header中加入using declaration,必须用全称如std::cin.因为如果加上去的话,you a ...
support library目录解释说明内容
ExifInterface Support Library这个也是一个独立依赖的类,不需要第三方的包 Exif tags store information such as the orientati ...
Android Support Library的前世今生
原文出自:http://www.jianshu.com/p/f5f9a4fd22e8 封面本篇文章已授权微信公众号 guolin_blog (郭霖)独家发布在之前的开发经历中经常需要导入一些如v4 ...
MPB：猪胃肠道内容物和黏膜样品采集与微生物组成分析
为进一步提高<微生物组实验手册>稿件质量,本项目新增大众评审环节.文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见.公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅 ...
C++ Primer(第4版)(评注版)
<C++ Primer(第4版)(评注版)> 基本信息原书名: C++ Primer (4th Edition) 原出版社: Addison-Wesley Professional; 4 ...
CellRanger单细胞基因表达分析基础流程
CellRanger 是10X genomic 公司开发的分析单细胞测序数据的软件.可以从这里下载软件和参考基因组数据.根据样本处理和测序的方案不同,流程方案有一定的差异,本文是基因表达分析的基本代码 ...
typescript 叹号_TypeScript系列（五）最佳实践
前言在进入主题之前,我们先来简单回顾一下前四篇文章想要表达的主题: 当Redux遇到TypeScript:这篇文章从redux的action出发,介绍了as和可判别联合类型(Discriminate ...
如何检查变量的类型是否为字符串？
有没有办法检查python中的变量类型是否为字符串. 喜欢: isinstance(x,int); 对于整数值? #1楼根据以下更好的答案进行编辑. 下来大约3个答案,找出basetring的凉爽. ...
Python中类型最佳判断方法
Python在定义变量的时候不用指明具体的的类型,解释器会在运行的时候会自动检查变量的类型,并根据需要进行隐式的类型转化,因为Python是动态语言,所以一般情况下是不推荐进行类型转化的. 比如进行& ...