cytoscape画饼图
cytoscape画饼图
- 数据准备
- 绘制饼图
数据准备
首先要画饼图,自然是要有节点。以路径图进行举例说明。
要建网络,需要节点和边,cytoscape建网络时,可以在该软件中新建网络,手动输入节点和边的信息(这部分不做详细说明)。另外一种方法便是从文件导入边的信息。
比如:可以导入如下格式的文件
node1 | node2 |
---|---|
C | B |
Z | F |
D | A |
每行表示node1和node2之间有边连接,如果边是带权重的,可以再加一列表示边的权重。
导入时可以选择所要导入的数据的每一列的属性,比如我这里源节点,目标节点,相互作用的边的类型,权重,是否要导入所选列等信息。
因为我知道我导入的节点之间由边连接成一条条路径,所以在Layout中设置为yFiles Hierarchical layout形式的布局
接下来,导入节点信息,即某一节点属于哪一类(或可以说它有哪些属性)。可以导入excel表格。因为已经导入网络,此时导入的是网络中节点的属性,所以点击导入网络的右边的导入表格状的快捷按钮。举例:(这里的属性值一定是相同的数,即有这个属性就输入1,没有就不做任何处理。但不能是对属性1输入1,属性2输入2这样的,这样画饼图的时候不能等分一个圆,做一下尝试就理解了)
绘制饼图
数据准备好了,接下来就是怎么画出饼图。
在设置节点相关属性的列表中,点击Image/Chart 1,如果该选项没有显示在当前列表中,点击上方Properties-Size中勾选Image/Chart 1即可在列表中看到。点击Image/Char 1最左边的框-Charts-Pie(饼状的图例,鼠标放到上边会提示“Pie”)-导入想用饼图显示出来的属性-Apply(或者先点击左边的Option对颜色进行设置,再点击Apply)
设置整个网络中节点的布局(想要让节点更靠近一些或者远离一些),除了拖动节点外,还可以在Layout-Node Layout Tools中进行设置
示例:
还可以右键所创建的网络-Apply Style,选择自带的一些格式。
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