geo getgeo下载表达矩阵选择p值 geo2r


getwd()
setwd("G:/silicosis/geo/GSE103548_rna-seq_llc_mle-12/GSE163224_a549_contact_esophil/")library(GEOquery)f='GSE163224_eSet.Rdata'
if(!file.exists(f)){gset <- getGEO('GSE163224', destdir=".",AnnotGPL = F,     ## 注释文件getGPL = F)       ## 平台文件save(gset,file=f)   ## 保存到本地
}getwd()
load('GSE163224_eSet.Rdata')  ## 载入数据
class(gset)  #查看数据类型
length(gset)  #
class(gset[[1]])
gset
exprs(gset[[1]])
gset[[1]]a=exprs(gset[[1]])
head(a)
a['220570_at',]
a[rownames(a)=='220570_at',]
library(dplyr)
myexpression=as.data.frame(a)
head(myexpression)
myexpression$probe_id=rownames(myexpression)#将行名转化为列名方便合并
head(myexpression)##下载p值为1的geo2r  获取探针和基因的对应关系
input=read.table("G:\\silicosis\\geo\\GSE103548_rna-seq_llc_mle-12\\GSE163224_a549_contact_esophil\\GSE163224.top.table.tsv",header = T,sep = "\t",comment.char = "!")
head(input)
input$probe_id=input$ID
head(input)mydata=merge(myexpression,input,by='probe_id')
head(mydata)colnames(a)
boxplot(mydata[,2:42])
getwd()save(mydata,file = "G:/silicosis/geo/GSE103548_rna-seq_llc_mle-12/GSE114761_various_A549_TGFB/myexpression_matrix.rds")
load("G:/silicosis/geo/GSE103548_rna-seq_llc_mle-12/GSE114761_various_A549_TGFB/myexpression_matrix.rds")colnames(mydata)
a=read.table(file = 'clipboard')
head(a)
a=a[-1,]
a
colnames(mydata)[2:43]=a$V2
head(mydata)mydata[mydata$Gene.symbol=='RETN'|mydata$Gene.symbol=='IGHA1'|mydata$Gene.symbol=='RETNLB',]————————————————
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